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套索RNA代谢调控机制及其在植物基因组稳定性维持中的作用
结题报告
批准号:
31830045
项目类别:
重点项目
资助金额:
280.0 万元
负责人:
郑丙莲
依托单位:
学科分类:
基因表达及非编码序列调控
结题年份:
2023
批准年份:
2018
项目状态:
已结题
项目参与者:
郑丙莲
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中文摘要
套索RNA是RNA拼接过程中被剪切的内含子形成的,传统上认为它被去分支酶DBR1线性化后降解。但近年来发现动植物中很多套索RNA逃逸线性化并参与基因表达调控。然而,DBR1如何识别并线性化套索RNA以及套索RNA选择性逃逸线性化的机制和生物学意义尚不清楚。本项目在申请人近期发现植物套索RNA被miRNA加工复合物识别的基础上,围绕"套索RNA如何被识别或者选择性逃逸、套索RNA是否被加工成小RNA及其生物学意义是什么“等科学问题,开展如下研究:1)鉴定DBR1互作蛋白及下游因子,阐明套索RNA被线性化的机制;2)分离生理条件下套索RNA的结合蛋白,解析套索RNA选择性逃逸线性化的调控机制;3)从外源转基因、病毒侵染和转座子入侵三方面研究套索RNA衍生的小RNA在基因组受到攻击时的功能。上述研究将全面揭示套索RNA的代谢调控机制,阐明套索RNA作为植物的免疫分子在基因组稳定性维持中的作用。
英文摘要
Lariat RNA is a by-product of RNA splicing, which is linearized by DBR1 followed by degradation. However, several studies showed that hundreds of lariat RNAs exist in physiological condition, and these lariat RNAs act as regulatory molecues to control gene expression. Currently, how DBR1 recognizes and linearizes lariat RNA, how a subset of lariat RNAs escape debranching, whether lariat RNAs bound by the Dicer complex can be further processed into small RNA, and what the biological consequences of these lariat-derived small RNA remain unexplored. In this study, we will focus on three aspects: 1) identify DBR1-interacting proteins and isolate dbr1-2 suppressor, aiming to elucidate the mechanism of DBR1 linearizing lariat RNAs; 2) Isolate factors involved in lariat RNA production and degradation, and uncovers the mechanism of lariat RNAs escaping debranching; 3)Investigate the role of lariat-derived small RNA in the control of genome stability from transgene silencing, virus infection, and transposon invasion. Through these investigations, we hopefully understand the mechanism of lariat RNA metabolism, and uncover a previously unknown role of lariat RNA in the maintenance of genome stability during evolution in plants.
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:10.1016/j.jgg.2021.02.003
发表时间:2021-03
期刊:Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
影响因子:--
作者:Youshang Zhao;Ting Jiang;Lei Li;Xiaotuo Zhang;Tianyu Yang;Cuimei Liu;Jinfang Chu;Binglian Zheng-Binglian
通讯作者:Youshang Zhao;Ting Jiang;Lei Li;Xiaotuo Zhang;Tianyu Yang;Cuimei Liu;Jinfang Chu;Binglian Zheng-Binglian
DOI:10.1073/pnas.1816652116
发表时间:2019-02-26
期刊:PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
影响因子:11.1
作者:Zhong,Songxiao;Xu,Yifeng;Zheng,Binglian
通讯作者:Zheng,Binglian
DOI:10.1111/nph.15854
发表时间:2019-10
期刊:The New phytologist
影响因子:--
作者:Wenye Wu;Binglian Zheng
通讯作者:Wenye Wu;Binglian Zheng
DOI:10.1111/nph.16871
发表时间:2020-08
期刊:The New phytologist
影响因子:--
作者:Wenye Wu;Lei Li;Yi Zhao;Youshang Zhao;Ting Jiang;S. McCormick;Binglian Zheng
通讯作者:Wenye Wu;Lei Li;Yi Zhao;Youshang Zhao;Ting Jiang;S. McCormick;Binglian Zheng
A Comprehensive Map of Intron Branchpoints and Lariat RNAs in Plants
植物内含子分支点和套索 RNA 综合图谱
DOI:10.1105/tpc.18.00711
发表时间:2019-05-01
期刊:PLANT CELL
影响因子:11.6
作者:Zhang,Xiaotuo;Zhang,Yong;Zheng,Yun
通讯作者:Zheng,Yun
拟南芥雄性生殖细胞成熟过程中伴侣细胞营养核中染色质去浓缩的分子机制研究
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    国际(地区)合作与交流项目
  • 资助金额:
    --
  • 批准年份:
    2021
  • 负责人:
    郑丙莲
  • 依托单位:
小RNA与植物生殖发育
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    国家杰出青年科学基金
  • 资助金额:
    400万元
  • 批准年份:
    2020
  • 负责人:
    郑丙莲
  • 依托单位:
套索RNA通过拮抗DCL1复合物抑制植物miRNA产生的分子机制
  • 批准号:
    31671261
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万元
  • 批准年份:
    2016
  • 负责人:
    郑丙莲
  • 依托单位:
拟南芥小分子RNA与ARID1协同促进精子形成的分子机制
  • 批准号:
    31470281
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    85.0万元
  • 批准年份:
    2014
  • 负责人:
    郑丙莲
  • 依托单位:
国内基金
海外基金