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蛋白质折叠问题的全原子分子动力学模拟研究
结题报告
批准号：
10504012
项目类别：
青年科学基金项目
资助金额：
24.0 万元
负责人：
张建
依托单位：
南京大学
学科分类：
A2014.凝聚态物理新兴与交叉领域
结题年份：
2008
批准年份：
2005
项目状态：
已结题
项目参与者：
李文飞、秦猛、盛乐标、徐维新、苏煜、铁祚庥
关键词：
蛋白质折叠动力学自由能面复杂性..全原子分子动力学模拟
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中文摘要
针对若干典型的蛋白质体系，结合凝聚态统计物理中最新的构象空间采样方法和手段，利用全原子及简化模型的分子动力学模拟，研究蛋白质折叠动力学，研究自由能面的复杂性及来源等,加深对蛋白质折叠问题的认识。具体内容包括：利用REMD构象空间采样方法，结合全原子模拟，研究downhill蛋白的特殊折叠行为；探索改进相空间采样效率及自由能面表征手段的新方法，将全原子模拟研究推广到更大更复杂的蛋白质体系中；研究蛋白
英文摘要
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Folding of proteins with an all-atom Go-model.
DOI：10.1063/1.2943202
发表时间：2008-06
期刊：The Journal of chemical physics
影响因子：--
作者：Ling-Zhi Wu;John Z. H. Zhang;M. Qin;Fen Liu;Wei Wang
通讯作者：Ling-Zhi Wu;John Z. H. Zhang;M. Qin;Fen Liu;Wei Wang
Effects of disulfide bonds on folding behavior and mechanism of the beta-sheet protein tendamistat.
DOI：10.1529/biophysj.105.063552
发表时间：2006
期刊：Biophysical journal
影响因子：3.4
作者：M. Qin;Jian Zhang;Wei Wang
通讯作者：M. Qin;Jian Zhang;Wei Wang
Effects of zinc binding on the conformational distribution of the amyloid-β peptide based on molecular dynamics simulations
DOI：10.1021/jp076213t
发表时间：2007-12-13
期刊：JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
影响因子：3.3
作者：Li, Wenfei;Zhang, Jian;Wang, Wei
通讯作者：Wang, Wei
Metal-coupled folding of Cys2His2 zinc-finger
Cys2His2 锌指的金属耦合折叠
DOI：10.1021/ja075302g
发表时间：2008-01-23
期刊：JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY
影响因子：15
作者：Li, Wenfei;Zhang, Jian;Wang, Wei
通讯作者：Wang, Wei
Folding mechanism of Trpzip2 ?-hairpin studied by all-atom REMD simulations
全原子REMD模拟研究Trpzip2 α-发夹的折叠机制
DOI：--
发表时间：--
期刊：
影响因子：--
作者：
通讯作者：
基于机器学习的RNA结构预测
  • 批准号：
    11774158
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    65.0万元
  • 批准年份：
    2017
  • 负责人：
    张建
  • 依托单位：
    南京大学
RNA结构预测与折叠热力学动力学研究
  • 批准号：
    11274157
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    78.0万元
  • 批准年份：
    2012
  • 负责人：
    张建
  • 依托单位：
    南京大学
非编码RNA三级结构预测及其折叠动力学研究
  • 批准号：
    10974088
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    34.0万元
  • 批准年份：
    2009
  • 负责人：
    张建
  • 依托单位：
    南京大学
国内基金
海外基金