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m6A识别蛋白FIP1L1在mRNA 3'末端加工的功能机制研究

批准号:
32100467
项目类别:
青年科学基金项目(C类)
资助金额:
30.0 万元
负责人:
刘树榕
依托单位:
学科分类:
表观遗传调控
结题年份:
2024
批准年份:
2021
项目状态:
已结题
项目参与者:
刘树榕

项目摘要

结项摘要

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中文摘要
m6A修饰是真核细胞mRNA上最高丰度最保守的表观遗传修饰,通过招募m6A读码器(reader)共同调控mRNA的命运与功能。虽然成千上万的m6A修饰位点已经被发现是位于3’非翻译区(3’-UTR),但是是否存在新的m6A读码器识别这些m6A修饰位点参与调控mRNA前体(pre-mRNA)的3’末端加工亟待阐明。我们前期通过建立RNA结合蛋白靶标组分析体系,发现一批潜在的参与mRNA剪接的m6A结合蛋白,并用实验证实FIP1L1蛋白为新的m6A读码器。在此基础上,我们将开发鉴定全长RNA分子的高通量测序技术并联合多组学测序方法和功能实验方法,在转录组层面系统解析新的m6A读码器FIP1L1依赖m6A修饰调控pre-mRNA 3’末端加工的分子机制,揭示m6A修饰新的调控功能,并为RNA加工与代谢研究提供新的技术与思路。
英文摘要
N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant and conserved epitranscriptomic modification on eukaryotic mRNA, which regulates mRNA fate and function by recruiting m6A readers. Although thousands of m6A sites have been found in the 3’ untranslated region (3’-UTR), it remains to be clarified whether there are unknown m6A readers that identify these m6A sites in the 3’-UTR and are involved in the regulation of pre-mRNA 3’-end processing. In our previous work, through the establishment of the RNA-binding protein targetome analysis system, we found a batch of potential m6A binding proteins involved in mRNA splicing and confirmed FIP1L1 protein as a novel m6A reader by experiments. Based on these, we will develop high-throughput full-length RNA sequencing technology and integrate multi-omics sequencing methods, as well as functional methods, to systemically clarify the molecular mechanism of m6A reader FIP1L1 which is dependent on m6A to regulate the pre-mRNA 3’end processing at the transcriptome level. Our project will reveal the novel regulatory function of m6A modification and provide new technologies and insights in the field of RNA processing and metabolism.
m6A修饰是真核细胞mRNA上最高丰度最保守的表观遗传修饰,通过招募m6A读码器(reader)共同调控mRNA的命运与功能。本项目通过建立RNA结合蛋白靶标组分析体系,发现一批潜在的参与mRNA剪接的m6A结合蛋白,并通过实验验证FIP1L1和CPSF6蛋白为新的m6A读码器。我们发展了irCLIP-seq和ir-miCLIP技术,全面解析了FIP1L1和CPSF6依赖m6A修饰调控的靶标组。RNA-seq等组学分析显示,FIP1L1对RNA稳定性无显著影响,而沉默CPSF6表达则增强靶标RNA的稳定性,提示CPSF6可能通过依赖m6A修饰参与介导pre-mRNA 3’末端加工,从而调控RNA稳定性。同时,我们开发了鉴定长非帽RNA全长序列的高通量方法NAP-seq和鉴定短非编码RNA全长序列的方法PEN-seq,发现了多种RNA加工过程和pre-mRNA加工产生的新类型非编码RNA。这些方法为探究RNA加工机制开辟了新道路。联合使用NAP-seq和PEN-seq,我们将进一步解析新的m6A结合蛋白FIP1L1和CPSF6调控pre-mRNA 3’末端加工的分子机制。此外,我们还开发了非编码RNA表观修饰鉴定方法和功能分析平台。这些研究为深入探究表观修饰功能和RNA加工机制开辟了新途径,提供了新的思路。
非帽RNA DINAP与DKC1互作调控假尿嘧啶 修饰组的功能机制研究
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    10.0万元
  • 批准年份:
    2025
  • 负责人:
    刘树榕
  • 依托单位:
国内基金
海外基金