课题基金 / 基金详情

基于ARMS多重荧光复合扩增技术的人源肿瘤细胞系鉴定体系研究

批准号:
32060233
项目类别:
地区科学基金项目
资助金额:
36.0 万元
负责人:
叶芳
依托单位:
学科分类:
前沿技术基础理论
结题年份:
2024
批准年份:
2020
项目状态:
已结题
项目参与者:
叶芳

项目摘要

结项摘要

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中文摘要
人源肿瘤细胞系是医学生物学各领域使用的最重要生物资源之一。但我国细胞系交叉污染问题极为严重,威胁着获取的研究数据和结论的有效性。本课题拟以ARMS-PCR方法结合多重荧光复合扩增技术为基础,建立同步鉴定具有高度多态性的STR和双等位基因特异分型的SNP两种遗传标记的检测体系,以准确鉴别肿瘤细胞系身份真实性,解决依赖于STR分型的细胞身份检测中,因高频微卫星不稳定、杂合性丢失、AMEL基因座缺失或突变导致的Y染色体信号丢失及不均衡混合等造成的检测局限。并在较大规模进行该检测体系的灵敏度、准确性、特异性等性能验证及结果验证和应用性验证,从方法学上建立结果准确、操作简便、易于推广使用的肿瘤细胞系身份新型检测体系,为肿瘤细胞系这一重要科研资源提供可靠质量保障。并以此为基础系统性研究国内肿瘤细胞系身份真实性及交叉污染情况。建立肿瘤细胞系身份鉴定检测数据库,为肿瘤细胞系使用提供更为全面的比对依据。
英文摘要
Human tumor cell line is one of the most important biological resources in diverse fields of biomedical biology. However, the cross-contamination problem is critical in the research fields of our country, which threatens the accuracy of the obtained data. In this study, synchronous detection system will be established for two genetic markers, including STR with high polymorphism and SNP with double allele specific typing, based on fluorescent multiplex ARMS technology, in order to break through the detection limitation of STR technology caused by MSI-H, Y chromosome signal loss caused by AMEL locus deletion or mutation, unstable heterozygosity loss, and unbalanced mixed samples. In addition, the performance verification of the detection system, including sensitivity, accuracy and specificity, and its application will be evaluated on a large scale. From the perspective of methodology, this novel identification system has simple operation procedures while obtaining accurate conclusion at the same time, and provide reliable quality assurance for the usage of tumor cell lines as an important scientific research resource. The novel detection system has extensive applications in the scientific research and will provide comprehensive and accurate evaluation of the identification of tumor cell lines used domestically and exploration of the source of cell line cross-contamination. The identification database of tumor cell lines will be established based on the application of the novel detection system, to provide a more comprehensive comparison basis for the usage of human tumor cell lines in the scientific research community.
人源肿瘤细胞系是医学生物学重要资源,但我国细胞系交叉污染极为严重,影响研究数据有效性。本课题采用扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)技术,构建了新型SNP-STR复合遗传标记检测系统,纳入ANSI/ATCC ASN-0002鉴定标准的13个核心位点以及European recommended loci等国际个体识别体系常用的8个STR位点,其STR分型能与ATCC、DSMZ、JCRB、Cellosaurus等细胞系STR数据库平行比对,具有高度普适性。为解决STR高频微卫星不稳定导致的分型能力不足,本系统依据ARMS原理同步检测12个与STR连锁的SNP位点。除AMEL位点外,增加了DYS391和Y-InDel位点以满足准确性别鉴定的需求。本检测体系分为两个panel,扩增结果清晰,分型准确,灵敏度高,具有高度人源特异性,能检出比例为1:9的混合模型中的低比例成分,且不受主要成分影响。体系等位基因片段迁移率准确性高。通过对75例无亲缘关系细胞系进行遗传学调查,获得了各SNP-STR位点的单倍型分布及其频率。统计学分析显示SNP-STR的分析性能优于遗传标记中的STR位点,累计个体识别率达0.9999999999999999999999999999887308399190763。被检测细胞的SNP位点突变率低,遗传稳定性高,对于STR分型存在差异的细胞系,可依据SNP进一步区分,提高了分型能力,对肿瘤细胞系准确身份鉴定具有重要意义。并有效检测出HL-7702等身份错误细胞。本研究建立的SNP-STR遗传标记同步鉴定体系,方法准确、操作简便、成本低且易于推广,为肿瘤细胞系身份鉴定提供了新方法,并建立了同时涵盖STR和SNP两种遗传标记的身份鉴定数据库,为人源细胞系使用提供了更全面比对依据,为细胞系这一重要生物资源提供了可靠质量保障。
基于线粒体Kv1.3通道的抗肿瘤多肽药物传递系统研究
  • 批准号:
    81760555
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
  • 资助金额:
    34.0万元
  • 批准年份:
    2017
  • 负责人:
    叶芳
  • 依托单位:
国内基金
海外基金