CDK-Taverna: an open workflow environment for cheminformatics.
CDK-Taverna: an open workflow environment for cheminformatics.
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DOI：
10.1186/1471-2105-11-159
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发表时间：
2010-03-29
影响因子：
3
通讯作者：
Steinbeck C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuhn T;Willighagen EL;Zielesny A;Steinbeck C
小分子在新陈代谢组学和药物发现等领域对生物信息学的兴趣越来越大。最近发布的大型开放获取化学数据库产生了对灵活工具的需求，以处理它们和发现新知识。为了免费支持基于这些数据资源的开放科学，处理工具最好是开源的，每个人都可以使用。在这里，我们描述了工作流引擎Taverna和化学信息学库化学开发工具包(CDK)的新组合，从而产生了一个开放源码的化学信息学工作流解决方案。我们已经部署了160多名不同的工作人员来处理特定的化学信息学任务。我们将介绍CDK-Taverna在各种使用场景中的应用。工作流引擎Taverna和化学开发工具包的结合为生物科学提供了第一个开源的化学信息学工作流解决方案。随着Taverna社区致力于开发更强大的工作流引擎和更友好的用户界面，CDK-Taverna有可能成为现有专有工作流工具的免费替代品。
Small molecules are of increasing interest for bioinformatics in areas such as metabolomics and drug discovery. The recent release of large open access chemistry databases generates a demand for flexible tools to process them and discover new knowledge. To freely support open science based on these data resources, it is desirable for the processing tools to be open source and available for everyone. Here we describe a novel combination of the workflow engine Taverna and the cheminformatics library Chemistry Development Kit (CDK) resulting in a open source workflow solution for cheminformatics. We have implemented more than 160 different workers to handle specific cheminformatics tasks. We describe the applications of CDK-Taverna in various usage scenarios. The combination of the workflow engine Taverna and the Chemistry Development Kit provides the first open source cheminformatics workflow solution for the biosciences. With the Taverna-community working towards a more powerful workflow engine and a more user-friendly user interface, CDK-Taverna has the potential to become a free alternative to existing proprietary workflow tools.
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DOI：
10.1021/ci025584y
发表时间：
2003-03
期刊：
Journal of chemical information and computer sciences
影响因子：
--
作者：
Steinbeck C;Han Y;Kuhn S;Horlacher O;Luttmann E;Willighagen E
通讯作者：
Willighagen E
影响因子：
3
作者：
Spjuth O;Helmus T;Willighagen EL;Kuhn S;Eklund M;Wagener J;Murray-Rust P;Steinbeck C;Wikberg JE
通讯作者：
Wikberg JE
DOI：
10.1021/ci990052b
发表时间：
1999-11-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Murray-Rust, P;Rzepa, HS
通讯作者：
Rzepa, HS
影响因子：
5.8
作者：
Oinn, T;Addis, M;Li, P
通讯作者：
Li, P
DOI：
10.1021/ci00057a005
发表时间：
1988-02-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
WEININGER, D
通讯作者：
WEININGER, D