proChIPdb: a chromatin immunoprecipitation database for prokaryotic organisms.
proChIPdb: a chromatin immunoprecipitation database for prokaryotic organisms.
复制标题
proChIPdb：原核生物染色质免疫沉淀数据库。
DOI：
10.1093/nar/gkab1043
复制
发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Palsson BO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Decker KT;Gao Y;Rychel K;Al Bulushi T;Chauhan SM;Kim D;Cho BK;Palsson BO
原核生物中的转录调控网络主要通过转录因子（transcription factors，TF）来控制全局基因的表达，TF是DNA结合蛋白。染色质免疫沉淀（ChIP）与DNA测序方法可以识别整个基因组的TF结合位点，提供自下而上的，基因表达是如何调节的机制的理解。ChIP为全面了解细胞适应和调节（包括条件特异性）的目标提供了不可或缺的证据。ChIP衍生数据的重要性和劳动密集型促使其广泛传播和重复使用，这是目前原核领域未满足的需求。为了填补这一空白，我们提出了proChIPdb（prochipdb.org），一个信息丰富的，交互式的Web数据库。该网站收集了几种原核生物的公共ChIP-seq/-exo数据，并将其呈现在仪表板中，其中包括策划的结合位点，核苷酸分辨率基因组查看器和总结图，如基序富集序列徽标。用户可以搜索感兴趣的TF或其靶基因，下载所有数据，仪表板和视觉效果，并通过生物数据库和文献跟踪外部链接来了解调节子。proChIPdb的首次发布涵盖了多种生物，包括大肠杆菌的大多数主要TF，并且可以扩展以支持跨原核结构域的调节子发现。
The transcriptional regulatory network in prokaryotes controls global gene expression mostly through transcription factors (TFs), which are DNA-binding proteins. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) with DNA sequencing methods can identify TF binding sites across the genome, providing a bottom-up, mechanistic understanding of how gene expression is regulated. ChIP provides indispensable evidence toward the goal of acquiring a comprehensive understanding of cellular adaptation and regulation, including condition-specificity. ChIP-derived data's importance and labor-intensiveness motivate its broad dissemination and reuse, which is currently an unmet need in the prokaryotic domain. To fill this gap, we present proChIPdb (prochipdb.org), an information-rich, interactive web database. This website collects public ChIP-seq/-exo data across several prokaryotes and presents them in dashboards that include curated binding sites, nucleotide-resolution genome viewers, and summary plots such as motif enrichment sequence logos. Users can search for TFs of interest or their target genes, download all data, dashboards, and visuals, and follow external links to understand regulons through biological databases and the literature. This initial release of proChIPdb covers diverse organisms, including most major TFs of Escherichia coli, and can be expanded to support regulon discovery across the prokaryotic domain.
登录
查看更多内容
邮票：用于探索DNA结合基序相似性的网络工具。
影响因子：
14.9
作者：
Mahony, Shaun;Benos, Panayiotis V
通讯作者：
Benos, Panayiotis V
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
14.9
作者：
Gao, Ye;Yurkovich, James T.;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
影响因子：
4.1
作者：
Fuchs, Stephan;Mehlan, Henry;Maeder, Ulrike
通讯作者：
Maeder, Ulrike
DOI：
10.1073/pnas.1702581114
发表时间：
2017-09-19
影响因子：
11.1
作者：
Fang, Xin;Sastry, Anand;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.