IgBLAST: an immunoglobulin variable domain sequence analysis tool.
IgBLAST: an immunoglobulin variable domain sequence analysis tool.
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DOI：
10.1093/nar/gkt382
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ostell JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ye J;Ma N;Madden TL;Ostell JM
免疫球蛋白（IG）序列的可变结构域由多个基因编码，包括可变（V）基因、多样性（D）基因和连接（J）基因。IG序列的分析通常需要鉴定每个基因，以及在限定区域的背景下比较序列变异。通用工具，如BLAST程序，对于这样的任务仅具有有限的用途，因为IG序列的重排性质和每个基因的可变长度需要多轮BLAST搜索单个IG序列。此外，不同基因的手动组装是困难的并且容易出错。为了解决这些问题并促进分析IG序列中的其他常见任务，我们开发了序列分析工具IgBLAST（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/）。使用此工具，用户可以查看与种系V、D和J基因的匹配，重排连接处的细节，IG V结构域框架区和互补决定区的轮廓。IgBLAST具有分析核苷酸和蛋白质序列的能力，并且可以批量处理序列。此外，IgBLAST允许同时对生殖系基因数据库和其他序列数据库进行搜索，以最大限度地减少可能丢失最佳匹配生殖系V基因的机会。
The variable domain of an immunoglobulin (IG) sequence is encoded by multiple genes, including the variable (V) gene, the diversity (D) gene and the joining (J) gene. Analysis of IG sequences typically requires identification of each gene, as well as a comparison of sequence variations in the context of defined regions. General purpose tools, such as the BLAST program, have only limited use for such tasks, as the rearranged nature of an IG sequence and the variable length of each gene requires multiple rounds of BLAST searches for a single IG sequence. Additionally, manual assembly of different genes is difficult and error-prone. To address these issues and to facilitate other common tasks in analysing IG sequences, we have developed the sequence analysis tool IgBLAST (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/igblast/). With this tool, users can view the matches to the germline V, D and J genes, details at rearrangement junctions, the delineation of IG V domain framework regions and complementarity determining regions. IgBLAST has the capability to analyse nucleotide and protein sequences and can process sequences in batches. Furthermore, IgBLAST allows searches against the germline gene databases and other sequence databases simultaneously to minimize the chance of missing possibly the best matching germline V gene.
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