Impact of macromolecular crowding on DNA replication.
Impact of macromolecular crowding on DNA replication.
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DOI：
10.1038/ncomms2620
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发表时间：
2013
影响因子：
16.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
生物体内的酶活性是在由许多大分子组成的拥挤环境中进行的。这种环境通过增加组分的浓度、去溶剂化、降低蛋白质扩散和跳跃到DNA上的自由度以及增强结合平衡和催化作用来影响DNA复制。然而，大分子拥挤对蛋白质结构的影响知之甚少。在这里，我们研究大分子拥挤使用噬菌体T7的复制系统，我们表明，它会影响DNA复制的几个方面; DNA解旋酶的活性增加，DNA聚合酶对盐的敏感性降低。我们还表明，使用SAXS分析，DNA解旋酶和DNA聚合酶/trx之间的复合物是在拥挤的环境中更加紧凑。最高的酶活性对应于最紧凑的结构。更好地了解拥挤对结构和活性的影响，将增强从NMR和X射线结构获得的信息之外的机理洞察力。
Enzymatic activities in vivo occur in a crowded environment composed of many macromolecules. This environment influences DNA replication by increasing the concentration of the constituents, desolvation, decreasing the degrees of freedom for diffusion and hopping of proteins onto DNA, and enhancing binding equilibria and catalysis. However, the effect of macromolecular crowding on protein structure is poorly understood. Here we examine macromolecular crowding using the replication system of bacteriophage T7 and we show that it affects several aspects of DNA replication; the activity of DNA helicase increases and the sensitivity of DNA polymerase to salt is reduced. We also demonstrate, using SAXS analysis, that the complex between DNA helicase and DNA polymerase/trx is far more compact in a crowded environment. The highest enzymatic activity corresponds to the most compact structure. Better knowledge of the effect of crowding on structure and activity will enhance mechanistic insight beyond information obtained from NMR and X-ray structures.
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DOI：
10.1073/pnas.78.12.7370
发表时间：
1981-01-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA-BIOLOGICAL SCIENCES
影响因子：
--
作者：
FULLER, RS;KAGUNI, JM;KORNBERG, A
通讯作者：
KORNBERG, A
影响因子：
2.5
作者：
Allaire, Marc;Yang, Lin
通讯作者：
Yang, Lin
影响因子：
4.8
作者：
Kulczyk, Arkadiusz W.;Akabayov, Barak;Richardson, Charles C.
通讯作者：
Richardson, Charles C.
影响因子：
6.1
作者：
Konarev, PV;Volkov, VV;Svergun, DI
通讯作者：
Svergun, DI
影响因子：
16
作者：
Kato, M;Ito, T;Ellenberger, T
通讯作者：
Ellenberger, T