NCBI GEO: mining tens of millions of expression profiles--database and tools update.
NCBI GEO: mining tens of millions of expression profiles--database and tools update.
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NCBI GEO：开采数以百万计的表达概况 - 数据库和工具更新。
DOI：
10.1093/nar/gkl887
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发表时间：
2007-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Edgar, Ron
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barrett, Tanya;Troup, Dennis B.;Wilhite, Stephen E.;Ledoux, Pierre;Rudnev, Dmitry;Evangelista, Carlos;Kim, Irene F.;Soboleva, Alexandra;Tomashevsky, Maxim;Edgar, Ron
美国国家生物技术信息中心（NCBI）的基因表达综合数据库（GEO）对科学界产生的微阵列及其他形式的高通量数据进行存档，并免费传播。该数据库拥有符合微阵列实验最小信息量标准（MIAME）的基础设施，可获取完整注释的原始数据和处理后的数据。它支持多种数据提交选项和格式，包括网络表单、电子表格、XML以及文本形式的简单综合格式（SOFT）。除了数据存储外，还有一系列用户友好的基于网络的界面和应用程序，可帮助用户有效地探索、可视化并下载存储在GEO中的数千个实验以及数千万个基因表达模式。本文概述了GEO数据库的结构和用户工具，并介绍了数据库设计、性能、提交格式选项、数据查询和检索工具方面的最新改进。可通过以下网址访问GEO：
The Gene Expression Omnibus (GEO) repository at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) archives and freely disseminates microarray and other forms of high-throughput data generated by the scientific community. The database has a minimum information about a microarray experiment (MIAME)-compliant infrastructure that captures fully annotated raw and processed data. Several data deposit options and formats are supported, including web forms, spreadsheets, XML and Simple Omnibus Format in Text (SOFT). In addition to data storage, a collection of user-friendly web-based interfaces and applications are available to help users effectively explore, visualize and download the thousands of experiments and tens of millions of gene expression patterns stored in GEO. This paper provides a summary of the GEO database structure and user facilities, and describes recent enhancements to database design, performance, submission format options, data query and retrieval utilities. GEO is accessible at
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影响因子：
46.9
作者：
Zhou, XHJ;Kao, MCJ;Wong, WH
通讯作者：
Wong, WH
影响因子：
14.9
作者：
Wheeler, David L.;Barrett, Tanya;Yaschenko, Eugene
通讯作者：
Yaschenko, Eugene
影响因子：
30.8
作者：
Graham, RR;Kozyrev, SV;Alarcón-Riquelme, ME
通讯作者：
Alarcón-Riquelme, ME
DOI：
10.1152/ajplung.00272.2004
发表时间：
2005-01-01
影响因子：
4.9
作者：
Gonzalez, R;Yang, YH;Dobbs, L
通讯作者：
Dobbs, L
影响因子：
4.4
作者：
Griffith, OL;Pleasance, ED;Jones, SJM
通讯作者：
Jones, SJM