Fast helix formation in the B domain of protein A revealed by site-specific infrared probes.
Fast helix formation in the B domain of protein A revealed by site-specific infrared probes.
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蛋白质A的B结构域中的快速螺旋形成，该蛋白A的特异性红外探针揭示了。
DOI：
10.1021/acs.biochem.5b00037
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发表时间：
2015-03-10
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Dyer, R. Brian
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davis, Caitlin M.;Cooper, A. Kat;Dyer, R. Brian
比较实验和计算蛋白质折叠的研究可能是困难的，因为在结构分辨率的差异。同位素编辑的红外光谱提供了在单残基水平上参与蛋白质折叠的结构变化的直接测量。在这里，我们证明了提高分辨率的位点特异性红外探针的肽骨架中的葡萄球菌蛋白A（BdpA）的B域。使用重组蛋白表达将13 C = 18 O标记的甲硫氨酸掺入每个螺旋中。激光诱导的温度跳跃加上红外光谱被用来探测亚毫秒时间尺度上的肽骨架的变化。通过探测酰胺I区域中分配的相应条带，独立测量掩埋螺旋、溶剂化螺旋和标记位置的弛豫动力学。使用这些依赖于波长的测量，我们观察到一个快速的纳秒相位和较慢的微秒相位在每个位置。我们发现在过渡态之前的快速中间态中至少部分形成螺旋1-3。这些测量提供了直接的，时间分辨的实验证据的早期形成的部分螺旋结构的螺旋1和3，支持折叠模型提出的计算机模拟。
Comparison of experimental and computational protein folding studies can be difficult because of differences in structural resolution. Isotope-edited infrared spectroscopy offers a direct measure of structural changes involved in protein folding at the single-residue level. Here we demonstrate the increased resolution of site-specific infrared probes to the peptide backbone in the B domain of staphylococcal protein A (BdpA). 13C=18O-labeled methionine was incorporated into each of the helices using recombinant protein expression. Laser-induced temperature jumps coupled with infrared spectroscopy were used to probe changes in the peptide backbone on the submillisecond time scale. The relaxation kinetics of the buried helices, solvated helices, and labeled positions were measured independently by probing the corresponding bands assigned in the amide I region. Using these wavelength-dependent measurements, we observe a fast nanosecond phase and slower microsecond phase at each position. We find at least partial formation of helices 1–3 in the fast intermediate state that precedes the transition state. These measurements provide direct, time-resolved experimental evidence of the early formation of partial helical structure in helices 1 and 3, supporting folding models proposed by computer simulations.
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影响因子：
4.4
作者：
Lei, Hongxing;Wu, Chun;Duan, Yong
通讯作者：
Duan, Yong
集成回火采样分子动力学模拟揭示蛋白质 A B 结构域中的相对螺旋和氢键稳定性
影响因子：
4.4
作者：
Shao, Qiang;Gao, Yi Qin
通讯作者：
Gao, Yi Qin
影响因子：
5.6
作者：
Baxa, Michael C.;Freed, Karl F.;Sosnick, Tobin R.
通讯作者：
Sosnick, Tobin R.
DOI：
10.1073/pnas.2335541100
发表时间：
2003-11-25
影响因子：
11.1
作者：
García, AE;Onuchic, JN
通讯作者：
Onuchic, JN
影响因子：
15
作者：
Huang, R;Kubelka, J;Keiderling, TA
通讯作者：
Keiderling, TA