IsoProt: A Complete and Reproducible Workflow To Analyze iTRAQ/TMT Experiments
IsoProt: A Complete and Reproducible Workflow To Analyze iTRAQ/TMT Experiments
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.8b00968
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发表时间：
2019-04-01
影响因子：
4.4
通讯作者：
Schwaemmle, Veit
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Griss, Johannes;Vinterhalter, Goran;Schwaemmle, Veit
生殖问题已成为生物医学研究中的一个主要问题。在蛋白质组学中，生物信息学工作流程可以快速地由多个软件工具组成，每个软件工具都有自己的一组参数。它们的使用通常涉及数百个参数的定义以及数据操作，以确保工具的互操作性。因此，手稿的方法部分通常不足以完全描述和再现数据分析工作流程。在这里，我们介绍IsoProt：一个完整的和可重复的生物信息学工作流程部署在一个便携式容器环境中，以分析来自等压标记的定量蛋白质组学实验的数据。该工作流程仅使用开源工具，并提供用户友好的交互式浏览器界面来配置和执行不同的操作。一旦执行了工作流程，就可以将包括用于执行统计分析的R代码的结果作为HTML文档下载，该HTML文档提供了所执行分析的完整记录。因此，IsoProt代表了一种可重复的生物信息学工作流程，可以在任何计算机平台上产生相同的结果。
Reproducibility has become a major concern in biomedical research. In proteomics, bioinformatic workflows can quickly consist of multiple software tools each with its own set of parameters. Their usage involves the definition of often hundreds of parameters as well as data operations to ensure tool interoperability. Hence, a manuscript's methods section is often insufficient to completely describe and reproduce a data analysis workflow. Here we present IsoProt: A complete and reproducible bioinformatic workflow deployed on a portable container environment to analyze data from isobarically labeled, quantitative proteomics experiments. The workflow uses only open source tools and provides a user-friendly and interactive browser interface to configure and execute the different operations. Once the workflow is executed, the results including the R code to perform statistical analyses can be downloaded as an HTML document providing a complete record of the performed analyses. IsoProt therefore represents a reproducible bioinformatics workflow that will yield identical results on any computer platform.