Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale
Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btm039
复制
发表时间：
2007-04-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Rattei, Thomas
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Krumsiek, Jan;Arnold, Roland;Rattei, Thomas
Gepard提供了一个用户友好的交互式应用程序，用于快速创建点图。它利用后缀数组将点图计算的时间复杂度降低到Theta（m*log n）。客户端-服务器模式是点图创建软件的一个新功能，允许用户计算点图并通过功能注释对其着色，而无需事先下载序列或注释数据。
Gepard provides a user-friendly, interactive application for the quick creation of dotplots. It utilizes suffix arrays to reduce the time complexity of dotplot calculation to Theta(m*log n). A client-server mode, which is a novel feature for dotplot creation software, allows the user to calculate dotplots and color them by functional annotation without any prior downloading of sequence or annotation data.