Detecting putative orthologs
Detecting putative orthologs
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btg213
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发表时间：
2003-09-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Hirsh, AE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wall, DP;Fraser, HB;Hirsh, AE
我们开发了一种算法，该算法改善了在直系同源物识别中服用相互最佳爆炸（RBH）的常见程序。方法对重点最小的距离算法（RSD） - 在全局序列比对上的 - 进化距离的最大似然估计，以检测两个基因组之间的直系同源物。 RSD发现RBH错过了许多假定的直系同源物，因为它比RBH被近距离旁系同源物误导了。
We developed an algorithm that improves upon the common procedure of taking reciprocal best blast hits (rbh) in the identification of orthologs. The method-reciprocal smallest distance algorithm (rsd)-relies on global sequence alignment and maximum likelihood estimation of evolutionary distances to detect orthologs between two genomes. rsd finds many putative orthologs missed by rbh because it is less likely than rbh to be misled by the presence of a close paralog.