CPDB: a database of circular permutation in proteins.
CPDB: a database of circular permutation in proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkn679
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lyu PC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lo WC;Lee CC;Lee CY;Lyu PC
蛋白质中的循环排列 (CP) 可以视为其序列被环化，然后在新位置创建末端。自 1979 年首次观察到 CP 以来，大量研究得出结论，环状排列突变体 (CP) 通常保留天然结构和功能，有时稳定性或功能多样性有所增加。尽管这一有趣的特性使 CP 在许多蛋白质工程和折叠研究中发挥着重要作用，但直到这项研究才获得大规模的 CP 相关信息收集。这里我们描述CPDB，第一个CP数据库。 CPDB 的组织原理是分层分类，其中成对的循环排列被分组为 CP 簇，CP 簇进一步分组为折叠和类。 CPDB 的新增内容包括一组有用的工具和资源，用于 CP 的识别、表征、比较和可视化。此外，CPDB 中还实现并评估了几种可行的 CP 位置预测方法。该数据库可用于蛋白质折叠和进化研究、发现新的蛋白质结构和功能关系，以及促进具有独特生物技术或工业利益的新 CP 的生产。 CPDB数据库可以通过http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb访问
Circular permutation (CP) in a protein can be considered as if its sequence were circularized followed by a creation of termini at a new location. Since the first observation of CP in 1979, a substantial number of studies have concluded that circular permutants (CPs) usually retain native structures and functions, sometimes with increased stability or functional diversity. Although this interesting property has made CP useful in many protein engineering and folding researches, large-scale collections of CP-related information were not available until this study. Here we describe CPDB, the first CP DataBase. The organizational principle of CPDB is a hierarchical categorization in which pairs of circular permutants are grouped into CP clusters, which are further grouped into folds and in turn classes. Additions to CPDB include a useful set of tools and resources for the identification, characterization, comparison and visualization of CP. Besides, several viable CP site prediction methods are implemented and assessed in CPDB. This database can be useful in protein folding and evolution studies, the discovery of novel protein structural and functional relationships, and facilitating the production of new CPs with unique biotechnical or industrial interests. The CPDB database can be accessed at http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb
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