From bulk, single-cell to spatial RNA sequencing.
From bulk, single-cell to spatial RNA sequencing.
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DOI：
10.1038/s41368-021-00146-0
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发表时间：
2021-11-15
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang CY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li X;Wang CY
RNA测序（RNAseq）除了可以揭示基因表达差异外，还可以揭示基因融合、剪接变体、突变/插入缺失，从而提供比DNA测序更完整的遗传图谱。这种基因组学工具箱中使用最广泛的技术已经从经典的批量RNA测序（RNAseq），流行的单细胞RNA测序（scRNAseq）发展到新出现的空间RNA测序（spRNAseq）。批量RNAseq研究平均全球基因表达，scRNAseq同时研究多达20，000个单个细胞的单细胞RNA生物学，而spRNAseq具有空间解剖RNA活性的能力，代表了下一代RNA测序。本文重点介绍了这些技术，特点和适用于精确肿瘤学。
RNA sequencing (RNAseq) can reveal gene fusions, splicing variants, mutations/indels in addition to differential gene expression, thus providing a more complete genetic picture than DNA sequencing. This most widely used technology in genomics tool box has evolved from classic bulk RNA sequencing (RNAseq), popular single cell RNA sequencing (scRNAseq) to newly emerged spatial RNA sequencing (spRNAseq). Bulk RNAseq studies average global gene expression, scRNAseq investigates single cell RNA biology up to 20,000 individual cells simultaneously, while spRNAseq has ability to dissect RNA activities spatially, representing next generation of RNA sequencing. This article highlights these technologies, characteristic features and suitable applications in precision oncology.
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影响因子：
28.2
作者：
Chen PL;Roh W;Reuben A;Cooper ZA;Spencer CN;Prieto PA;Miller JP;Bassett RL;Gopalakrishnan V;Wani K;De Macedo MP;Austin-Breneman JL;Jiang H;Chang Q;Reddy SM;Chen WS;Tetzlaff MT;Broaddus RJ;Davies MA;Gershenwald JE;Haydu L;Lazar AJ;Patel SP;Hwu P;Hwu WJ;Diab A;Glitza IC;Woodman SE;Vence LM;Wistuba II;Amaria RN;Kwong LN;Prieto V;Davis RE;Ma W;Overwijk WW;Sharpe AH;Hu J;Futreal PA;Blando J;Sharma P;Allison JP;Chin L;Wargo JA
通讯作者：
Wargo JA
影响因子：
2.8
作者：
Font-Tello, Alba;Juanpere, Nuria;Hernandez, Silvia
通讯作者：
Hernandez, Silvia
影响因子：
12.3
作者：
Kim KT;Lee HW;Lee HO;Song HJ;Jeong da E;Shin S;Kim H;Shin Y;Nam DH;Jeong BC;Kirsch DG;Joo KM;Park WY
通讯作者：
Park WY
影响因子：
82.9
作者：
Blank, Christian U.;Rozeman, Elisa A.;Schumacher, Ton N.
通讯作者：
Schumacher, Ton N.
影响因子：
7
作者：
Emrich, Scott J.;Barbazuk, W. Brad;Schnable, Patrick S.
通讯作者：
Schnable, Patrick S.