MEMBPLUGIN: studying membrane complexity in VMD
MEMBPLUGIN: studying membrane complexity in VMD
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu037
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发表时间：
2014-05-15
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Selent, Jana
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guixa-Gonzalez, Ramon;Rodriguez-Espigares, Ismael;Selent, Jana
计算机模拟正在让位于通过分子动力学(MD)模拟对生物膜进行更复杂和更准确的研究。分子动力学轨迹的分析包括膜性质的生物物理表征或蛋白质-脂质相互作用和动力学的研究。然而，目前还缺乏自动化工具来分析复杂的膜或膜-蛋白质系统的分子动力学模拟。在这里，我们介绍了MEMBPLUGIN，这是可视化分子动力学程序包的一个插件，它提供了在模拟膜中测量一系列基本生物物理属性的算法。MEMBPLUGIN功能既可以通过用户友好的图形界面访问，也可以作为要在分析脚本中调用的命令行过程访问。
Computer simulations are giving way to more complex and accurate studies of biological membranes by molecular dynamics (MD) simulations. The analysis of MD trajectories comprises the biophysical characterization of membrane properties or the study of protein-lipid interactions and dynamics. However, there is a lack of automated tools to analyse MD simulations of complex membrane or membrane-protein systems. Here we present MEMBPLUGIN, a plugin for the Visual Molecular Dynamics package that provides algorithms to measure a host of essential biophysical properties in simulated membranes. MEMBPLUGIN features are accessible both through a user-friendly graphical interface and as command-line procedures to be invoked in analysis scripts.