通过阵列式标签高通量测序高效鉴定点突变单克隆细胞
通过阵列式标签高通量测序高效鉴定点突变单克隆细胞
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DOI：
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
吕湘
中科院分区：
文献类型：
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作者：
韩玲;杨科;薛征;吕湘
目的建立阵列式标签标记的高通量测序方法并结合多克隆预筛选实现对点突变单克隆细胞株的高效鉴定。方法通过CRISPR/Cas9介导的同源重组修复(HDR)在K562细胞的rs826415位点引入G到T点突变。侯选细胞按每孔10 ~ 20个的密度接种培养多克隆,以带有标签(barcode)的引物区分各多克隆细胞,PCR扩增含rs826415位点的区段,产物合并进行二代测序。生物信息学分析各多克隆细胞的同源重组率及插入/缺失率。将阳性率最高孔内的细胞进一步单克隆培养并鉴定基因型。结果通过CRISPR/Cas9同源重组法和有限稀释获得96个rs826415位点打靶的多克隆细胞。经阵列式标签高通量测序法分析各孔细胞同源重组且不伴随插入/缺失(HDR without indel)的比率, 96个多克隆的平均阳性率为0.21%,最高达4.35%,将该多克隆细胞进一步单克隆培养,从30个单克隆中成功获得rs826415位点由G/G突变为T/G的杂合型细胞株。结论通过阵列式标签高通量测序策略结合多克隆细胞预筛选,实现了定点突变单克隆细胞株的高效鉴定,相比常规方法显著降低了工作量和成本。