Building Force Fields: An Automatic, Systematic, and Reproducible Approach.
Building Force Fields: An Automatic, Systematic, and Reproducible Approach.
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DOI：
10.1021/jz500737m
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发表时间：
2014-06-05
影响因子：
5.7
通讯作者：
Pande, Vijay S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang, Lee-Ping;Martinez, Todd J.;Pande, Vijay S.
精确的分子力学力场的发展是一个重大的挑战，必须解决的持续成功的分子模拟。我们开发了ForceBalance方法，使用实验和理论参考数据的灵活组合自动获得精确的力场参数。该方法被证明在两个刚性水模型的参数化，产生新的参数集（TIP 3 P-FB和TIP 4P-FB），准确地描述了许多物理性质的水。刚性三点水模型的示意图，其中显示了一些可调参数的名称（部分电荷δ、键角θ、货车范德华半径σ）。力平衡法（右上）应用于参数化刚性四点和三点水模型在这项工作中。
The development of accurate molecular mechanics force fields is a significant challenge that must be addressed for the continued success of molecular simulation. We developed the ForceBalance method to automatically derive accurate force field parameters using flexible combinations of experimental and theoretical reference data. The method is demonstrated in the parameterization of two rigid water models, yielding new parameter sets (TIP3P-FB and TIP4P-FB) that accurately describe many physical properties of water. Schematic of a rigid three-point water model with names of some adjustable parameters shown (partial charge δ, bond angle θ, van der Waals radius σ). The ForceBalance method (top right) is applied to parameterize rigid four-point and three-point water models in this work.
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影响因子：
5.8
作者：
Pronk, Sander;Pall, Szilard;Lindahl, Erik
通讯作者：
Lindahl, Erik
影响因子：
4.4
作者：
Horn, HW;Swope, WC;Head-Gordon, T
通讯作者：
Head-Gordon, T
影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
4.4
作者：
JORGENSEN, WL;CHANDRASEKHAR, J;KLEIN, ML
通讯作者：
KLEIN, ML
DOI：
10.1007/978-1-62703-017-5_8
发表时间：
2013-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Monticelli, Luca;Tieleman, D Peter
通讯作者：
Tieleman, D Peter