Methods for integration site distribution analyses in animal cell genomes.
Methods for integration site distribution analyses in animal cell genomes.
复制标题
DOI：
10.1016/j.ymeth.2008.10.028
复制
发表时间：
2009-04
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Bushman, Frederic D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ciuffi, Angela;Ronen, Keshet;Brady, Troy;Malani, Nirav;Wang, Gary;Berry, Charles C.;Bushman, Frederic D.
逆转录病毒DNA整合到染色体中的位置对于理解（i）病毒生长的机制，（ii）设计新的抗逆转录病毒疗法，（iii）理解基因组如何进化，以及（iv）开发更安全的基因治疗方法非常重要。随着许多生物体基因组序列的完成，通过克隆和测序大量宿主-病毒DNA连接，然后将宿主DNA片段映射回基因组序列来研究整合靶向已经成为可能。这允许统计分析整合位点相对于也被映射到序列支架上的无数类型的基因组特征的分布。在这里，我们提出了用于恢复和分析整合位点序列的方法。
The question of where retroviral DNA becomes integrated in chromosomes is important for understanding (i) the mechanisms of viral growth, (ii) devising new anti-retroviral therapy, (iii) understanding how genomes evolve, and (iv) developing safer methods for gene therapy. With the completion of genome sequences for many organisms, it has become possible to study integration targeting by cloning and sequencing large numbers of host–virus DNA junctions, then mapping the host DNA segments back onto the genomic sequence. This allows statistical analysis of the distribution of integration sites relative to the myriad types of genomic features that are also being mapped onto the sequence scaffold. Here we present methods for recovering and analyzing integration site sequences.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.8
作者：
Cherepanov, P;Maertens, G;Debyser, Z
通讯作者：
Debyser, Z
DOI：
10.1073/pnas.91.20.9233
发表时间：
1994-09-27
影响因子：
11.1
作者：
BUSHMAN, FD
通讯作者：
BUSHMAN, FD
影响因子：
4.8
作者：
Brin, E;Yi, JZ;Leis, J
通讯作者：
Leis, J
影响因子：
5.4
作者：
Barr, SD;Leipzig, J;Bushman, FD
通讯作者：
Bushman, FD
影响因子：
4.3
作者：
Berry C;Hannenhalli S;Leipzig J;Bushman FD
通讯作者：
Bushman FD