Quantum chemical calculations predict biological function: the case of T cell receptor interaction with a peptide/MHC class I.
Quantum chemical calculations predict biological function: the case of T cell receptor interaction with a peptide/MHC class I.
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DOI：
10.3389/fchem.2015.00009
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发表时间：
2015
影响因子：
5.5
通讯作者：
Germenis AE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Antipas GS;Germenis AE
原子相关统计和量子化学计算的组合被证明可以预测生物功能。在本研究中，发现具有几乎相同的立体化学的各种抗原肽-主要组织相容性复合物（pMHC）配体与相同的T细胞受体（TCR）复合，一致地诱导明显不同的量子化学行为，直接依赖于肽的电子自旋密度，并由肽的N-末端的质子化状态内在地表达。此外，发现任何变体相对于天然肽的累积配位差异准确地反映了肽的生物学功能，并且作为与pMHC-TCR相互作用的免疫学末端效应直接相关的物理可观察值。
A combination of atomic correlation statistics and quantum chemical calculations are shown to predict biological function. In the present study, various antigenic peptide-Major Histocompatibility Complex (pMHC) ligands with near-identical stereochemistries, in complexation with the same T cell receptor (TCR), were found to consistently induce distinctly different quantum chemical behavior, directly dependent on the peptide's electron spin density and intrinsically expressed by the protonation state of the peptide's N-terminus. Furthermore, the cumulative coordination difference of any variant in respect to the native peptide was found to accurately reflect peptide biological function and immerges as the physical observable which is directly related to the immunological end-effect of pMHC-TCR interaction.
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DOI：
10.1074/jbc.m111.289488
发表时间：
2012-01-06
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
Wooldridge L;Ekeruche-Makinde J;van den Berg HA;Skowera A;Miles JJ;Tan MP;Dolton G;Clement M;Llewellyn-Lacey S;Price DA;Peakman M;Sewell AK
通讯作者：
Sewell AK
影响因子：
1.7
作者：
Guerra, CF;Snijders, JG;Baerends, EJ
通讯作者：
Baerends, EJ
影响因子：
100.3
作者：
Cohn, Melvin;Mitchison, N. Av;Weigert, Martin
通讯作者：
Weigert, Martin
DOI：
10.1073/pnas.0402840101
发表时间：
2004-06-15
影响因子：
11.1
作者：
Gakamsky, DM;Luescher, IF;Pecht, I
通讯作者：
Pecht, I
影响因子：
3.8
作者：
Antipas, G. S. E.;Temleitner, L.;Xenidis, A.
通讯作者：
Xenidis, A.