KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server.
KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server.
复制标题
KAAS：自动基因组注释和路径重建服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkm321
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发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kanehisa M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moriya Y;Itoh M;Okuda S;Yoshizawa AC;Kanehisa M
近年来，完整基因组和草图基因组的数量迅速增长，并且自动识别这些基因组中基因的功能特性和生物学作用变得越来越重要。在KEGG数据库中，完整基因组中的基因基于使用Smith-Waterman评分的最佳命中信息以及通过人工策展，用KEGG正交（KO）标识符或K数进行注释。每个K数代表一组直系同源基因，它直接与KEGG通路图或BRITE功能层次中的对象相关联。在这里，我们开发了一个基于网络的服务器，称为KAAS（KEGG自动注释服务器：http：//www.genome.jp/kegg/kaas/），即一种快速方法的实现，用于自动将K编号分配给基因组中的基因，从而能够重建KEGG途径和BRITE层次结构。该方法是基于序列相似性，双向最佳命中信息和一些遗传学，并取得了较高的准确度相比，人工策划的KEGG基因数据库。
The number of complete and draft genomes is rapidly growing in recent years, and it has become increasingly important to automate the identification of functional properties and biological roles of genes in these genomes. In the KEGG database, genes in complete genomes are annotated with the KEGG orthology (KO) identifiers, or the K numbers, based on the best hit information using Smith–Waterman scores as well as by the manual curation. Each K number represents an ortholog group of genes, and it is directly linked to an object in the KEGG pathway map or the BRITE functional hierarchy. Here, we have developed a web-based server called KAAS (KEGG Automatic Annotation Server: http://www.genome.jp/kegg/kaas/) i.e. an implementation of a rapid method to automatically assign K numbers to genes in the genome, enabling reconstruction of KEGG pathways and BRITE hierarchies. The method is based on sequence similarities, bi-directional best hit information and some heuristics, and has achieved a high degree of accuracy when compared with the manually curated KEGG GENES database.
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