From squiggle to basepair: computational approaches for improving nanopore sequencing read accuracy.
From squiggle to basepair: computational approaches for improving nanopore sequencing read accuracy.
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DOI：
10.1186/s13059-018-1462-9
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发表时间：
2018-07-13
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
de Ridder J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rang FJ;Kloosterman WP;de Ridder J
纳米孔测序是一种快速成熟的技术，其以低成本在便携式仪器上以真实的时间递送长读取。毫不奇怪，社区迅速采用了这种新的测序方式，并成功地将其用于各种研究应用。纳米孔测序的一个主要限制是其高错误率，尽管最近对纳米孔化学和计算工具进行了改进，但其错误率仍在5%至15%之间。在这里，我们回顾了确定纳米孔测序错误率的计算方法。此外，我们概述了将原始测序数据翻译成碱基调用以检测碱基修饰和获得共有序列的策略。本文的在线版本（10.1186/s13059-018-1462-9）包含补充材料，可供授权用户使用。
Nanopore sequencing is a rapidly maturing technology delivering long reads in real time on a portable instrument at low cost. Not surprisingly, the community has rapidly taken up this new way of sequencing and has used it successfully for a variety of research applications. A major limitation of nanopore sequencing is its high error rate, which despite recent improvements to the nanopore chemistry and computational tools still ranges between 5% and 15%. Here, we review computational approaches determining the nanopore sequencing error rate. Furthermore, we outline strategies for translation of raw sequencing data into base calls for detection of base modifications and for obtaining consensus sequences. The online version of this article (10.1186/s13059-018-1462-9) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
9.2
作者：
Kilianski A;Haas JL;Corriveau EJ;Liem AT;Willis KL;Kadavy DR;Rosenzweig CN;Minot SS
通讯作者：
Minot SS
影响因子：
2.9
作者：
Gers, FA;Schmidhuber, J;Cummins, F
通讯作者：
Cummins, F
影响因子：
64.8
作者：
Goyal, Parveen;Krasteva, Petya V.;Van Genven, Nani;Gubellini, Francesca;Van den Broeck, Imke;Troupiotis-Tsailaki, Anastassia;Jonckheere, Wim;Pehau-Arnaudet, Gerard;Pinkner, Jerome S.;Chapman, Matthew R.;Hultgren, Scott J.;Howorka, Stefan;Fronzes, Remi;Remaut, Han
通讯作者：
Remaut, Han
影响因子：
12.3
作者：
Jain M;Olsen HE;Paten B;Akeson M
通讯作者：
Akeson M
影响因子：
46.9
作者：
通讯作者：
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