The Immune Landscape of Cancer.
The Immune Landscape of Cancer.
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DOI：
10.1016/j.immuni.2018.03.023
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发表时间：
2018-04-17
期刊：
影响因子：
32.4
通讯作者：
Shmulevich I
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thorsson V;Gibbs DL;Brown SD;Wolf D;Bortone DS;Ou Yang TH;Porta-Pardo E;Gao GF;Plaisier CL;Eddy JA;Ziv E;Culhane AC;Paull EO;Sivakumar IKA;Gentles AJ;Malhotra R;Farshidfar F;Colaprico A;Parker JS;Mose LE;Vo NS;Liu J;Liu Y;Rader J;Dhankani V;Reynolds SM;Bowlby R;Califano A;Cherniack AD;Anastassiou D;Bedognetti D;Mokrab Y;Newman AM;Rao A;Chen K;Krasnitz A;Hu H;Malta TM;Noushmehr H;Pedamallu CS;Bullman S;Ojesina AI;Lamb A;Zhou W;Shen H;Choueiri TK;Weinstein JN;Guinney J;Saltz J;Holt RA;Rabkin CS;Cancer Genome Atlas Research Network;Lazar AJ;Serody JS;Demicco EG;Disis ML;Vincent BG;Shmulevich I
我们利用 TCGA 汇编的数据对 10,000 多个肿瘤（包括 33 种不同的癌症类型）进行了广泛的免疫基因组分析。在癌症类型中，我们确定了六种免疫亚型：伤口愈合、IFN-γ主导、炎症、淋巴细胞耗尽、免疫安静和TGF-β主导，其特征是巨噬细胞或淋巴细胞特征、Th1:Th2细胞比率、瘤内异质性程度、非整倍性、新抗原负荷程度、整体细胞增殖、免疫调节基因表达和预后的差异。在所有癌症中，特定驱动突变与较低（CTNNB1、NRAS 或 IDH1）或较高（BRAF、TP53 或 CASP8）白细胞水平相关。细胞内和细胞外网络的多种控制方式（转录、微小RNA、拷贝数和表观遗传过程）参与肿瘤-免疫细胞相互作用，无论是在免疫亚型之间还是在免疫亚型内部。我们用于表征这些异质性肿瘤的免疫基因组学管道和所得数据旨在作为未来靶向研究的资源，以进一步推进该领域。托尔森等人。 (2018) 对 10,000 多种肿瘤进行了免疫基因组学分析，确定了涵盖多种癌症类型的六种免疫亚型，并假设可以定义影响预后的免疫反应模式。这项工作为理解肿瘤-免疫相互作用提供了资源，对于确定推进免疫治疗研究的方法具有重要意义。
We performed an extensive immunogenomic analysis of over 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes: Wound Healing, IFN-γ Dominant, Inflammatory, Lymphocyte Depleted, Immunologically Quiet, and TGF-β Dominant, characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field. Thorsson et al. (2018) present immunogenomics analyses of over 10,000 tumors, identifying six immune subtypes that encompass multiple cancer types and are hypothesized to define immune response patterns impacting prognosis. This work provides a resource for understanding tumor-immune interactions, with implications for identifying ways to advance research on immunotherapy.
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影响因子：
10.5
作者：
Amankulor NM;Kim Y;Arora S;Kargl J;Szulzewsky F;Hanke M;Margineantu DH;Rao A;Bolouri H;Delrow J;Hockenbery D;Houghton AM;Holland EC
通讯作者：
Holland EC
DOI：
10.1158/1078-0432.ccr-08-1283
发表时间：
2009-02-01
期刊：
Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
影响因子：
--
作者：
Beck AH;Espinosa I;Edris B;Li R;Montgomery K;Zhu S;Varma S;Marinelli RJ;van de Rijn M;West RB
通讯作者：
West RB
影响因子：
--
作者：
Aten JE;Fuller TF;Lusis AJ;Horvath S
通讯作者：
Horvath S
影响因子：
14.9
作者：
Colaprico A;Silva TC;Olsen C;Garofano L;Cava C;Garolini D;Sabedot TS;Malta TM;Pagnotta SM;Castiglioni I;Ceccarelli M;Bontempi G;Noushmehr H
通讯作者：
Noushmehr H
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu558
发表时间：
2014-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Chu J;Sadeghi S;Raymond A;Jackman SD;Nip KM;Mar R;Mohamadi H;Butterfield YS;Robertson AG;Birol I
通讯作者：
Birol I