RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies.
RAxML version 8: a tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu033
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发表时间：
2014-05-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stamatakis A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stamatakis A
动机：系统发育学越来越多地用于医学和生物学研究的各个领域。此外，由于下一代测序革命，用于进行系统发育分析的数据集以前所未有的速度增长。RAxML（Randomized Axelerated Maximum Likewise）是一种流行的程序，用于在最大似然下对大型数据集进行系统发育分析。自2006年上一篇RAxML论文发表以来，它一直在不断维护和扩展，以适应日益增长的输入数据集，并满足用户社区的需求。结果如下：我介绍了RAxML的一些最值得注意的新功能和扩展，例如替换模型和支持的数据类型的实质性扩展，SSE 3、AVX和AVX 2向量内部函数的引入，减少代码内存需求的技术以及大量的技术对树集进行后分析的操作。此外，还提供了一份最新的50页用户手册，涵盖了所有新的RAxML选项。可用性和实现：该代码可在https://github.com/stamatak/standard-RAxML上根据GNU GPL获得。联系方式：alexandros. h-its.org补充信息：补充数据可在生物信息学在线获得。
Motivation: Phylogenies are increasingly used in all fields of medical and biological research. Moreover, because of the next-generation sequencing revolution, datasets used for conducting phylogenetic analyses grow at an unprecedented pace. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) is a popular program for phylogenetic analyses of large datasets under maximum likelihood. Since the last RAxML paper in 2006, it has been continuously maintained and extended to accommodate the increasingly growing input datasets and to serve the needs of the user community. Results: I present some of the most notable new features and extensions of RAxML, such as a substantial extension of substitution models and supported data types, the introduction of SSE3, AVX and AVX2 vector intrinsics, techniques for reducing the memory requirements of the code and a plethora of operations for conducting post-analyses on sets of trees. In addition, an up-to-date 50-page user manual covering all new RAxML options is available. Availability and implementation: The code is available under GNU GPL at https://github.com/stamatak/standard-RAxML. Contact: alexandros.stamatakis@h-its.org Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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