ErmineJ: tool for functional analysis of gene expression data sets.
ErmineJ: tool for functional analysis of gene expression data sets.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-269
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发表时间：
2005-11-09
影响因子：
3
通讯作者：
Pavlidis P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee HK;Braynen W;Keshav K;Pavlidis P
在生物学动机的基因组（如途径或基因本体论类别）的背景下分析微阵列研究的结果是常见的。这种分析的最常见方法使用超几何分布（或相关技术）来寻找基于逐个基因分析而被选择为差异表达或以其他方式感兴趣的基因中的组的“过度代表性”。然而，这种方法有一些局限性，而且还没有关于实施替代品的生物学家友好工具的报告。我们介绍ErmineJ，一个多平台的用户友好的独立的软件工具，用于在微阵列基因表达数据的背景下分析功能相关的基因集。ErmineJ实现了多种基因集分析算法，包括过度表示和基于重采样的方法，这些方法专注于基因得分或基因表达谱的相关性。除了图形用户界面外，ErmineJ还具有命令行界面和应用程序编程界面，可用于自动化分析。图形用户界面包括用于创建和修改基因集、将基因本体可视化为表格或树以及可视化基因表达数据的工具。ErmineJ附带了一个完整的用户手册，并且是在Gnu公共许可证下许可的开源软件。多种分析算法的可用性，以及丰富的功能集和简单的图形界面，应该使ErmineJ成为生物学家信息学工具箱的有用补充。ErmineJ可从。
It is common for the results of a microarray study to be analyzed in the context of biologically-motivated groups of genes such as pathways or Gene Ontology categories. The most common method for such analysis uses the hypergeometric distribution (or a related technique) to look for "over-representation" of groups among genes selected as being differentially expressed or otherwise of interest based on a gene-by-gene analysis. However, this method suffers from some limitations, and biologist-friendly tools that implement alternatives have not been reported. We introduce ErmineJ, a multiplatform user-friendly stand-alone software tool for the analysis of functionally-relevant sets of genes in the context of microarray gene expression data. ErmineJ implements multiple algorithms for gene set analysis, including over-representation and resampling-based methods that focus on gene scores or correlation of gene expression profiles. In addition to a graphical user interface, ErmineJ has a command line interface and an application programming interface that can be used to automate analyses. The graphical user interface includes tools for creating and modifying gene sets, visualizing the Gene Ontology as a table or tree, and visualizing gene expression data. ErmineJ comes with a complete user manual, and is open-source software licensed under the Gnu Public License. The availability of multiple analysis algorithms, together with a rich feature set and simple graphical interface, should make ErmineJ a useful addition to the biologist's informatics toolbox. ErmineJ is available from .
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DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
14.9
作者：
Maglott D;Ostell J;Pruitt KD;Tatusova T
通讯作者：
Tatusova T
影响因子：
3
作者：
Lee HK;Braynen W;Keshav K;Pavlidis P
通讯作者：
Pavlidis P
影响因子：
3
作者：
Breslin, T;Edén, P;Krogh, M
通讯作者：
Krogh, M
DOI：
10.1073/pnas.0506580102
发表时间：
2005-10-25
影响因子：
11.1
作者：
Subramanian, A;Tamayo, P;Mesirov, JP
通讯作者：
Mesirov, JP