Genetically encoded fragment-based discovery of glycopeptide ligands for carbohydrate-binding proteins.
Genetically encoded fragment-based discovery of glycopeptide ligands for carbohydrate-binding proteins.
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DOI：
10.1021/ja511237n
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发表时间：
2015-04-29
影响因子：
15
通讯作者：
Derda R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ng S;Lin E;Kitov PI;Tjhung KF;Gerlits OO;Deng L;Kasper B;Sood A;Paschal BM;Zhang P;Ling CC;Klassen JS;Noren CJ;Mahal LK;Woods RJ;Coates L;Derda R
我们描述了一种加速寻找碳水化合物识别结构域(CRD)竞争性抑制物的方法。基于基因编码片段的发现(GE-FBD)使用选择噬菌体展示的糖肽将糖链片段对接在CRD上，并指导与CRD相邻的协同多肽基序的选择。从刀豆蛋白A(ConA)开始，以甘露糖(Man)结合蛋白为诱饵，我们将108个糖肽的文库缩小到86个导联，这些糖肽具有共同的基序：Man-WYD。对合成的先导化合物进行验证，得到了MAN-WYDLF，其亲和力是甲基α-D-甘露糖苷(MeMan)的40-50倍。凝集素阵列显示了特异性：MAN-WYD衍生物仅与17种与Man结合的蛋白质中的3种-ConA、Lch和PSA-结合。ConA：MAN-WYD的X射线结构证明，三甘露糖苷核心和Man-WYD具有相同的CRD对接，但它们的CRD外结合模式显著不同。尽管如此，它们对各种人结合蛋白具有类似的亲和力和选择性。这一耐人寻味的观察为多肽配体对碳水化合物的功能模仿提供了新的见解。GE-FBD可能为快速寻找凝集素的竞争性抑制剂提供一种替代方法。
We describe an approach to accelerate the search for competitive inhibitors for carbohydrate-recognition domains (CRDs). Genetically encoded fragment-based discovery (GE-FBD) uses selection of phage-displayed glycopeptides to dock a glycan fragment at the CRD and guide selection of synergistic peptide motifs adjacent to the CRD. Starting from concanavalin A (ConA), a mannose (Man)-binding protein, as a bait, we narrowed a library of 108 glycopeptides to 86 leads that share a consensus motif, Man-WYD. Validation of synthetic leads yielded Man-WYDLF that exhibited 40–50-fold enhancement in affinity over methyl α-D-mannopyranoside (MeMan). Lectin array suggested specificity: Man-WYD derivative bound only to 3 out of 17 proteins—ConA, LcH, and PSA—that bind to Man. An X-ray structure of ConA:Man-WYD proved that the trimannoside core and Man-WYD exhibit identical CRD docking, but their extra-CRD binding modes are significantly different. Still, they have comparable affinity and selectivity for various Man-binding proteins. The intriguing observation provides new insight into functional mimicry of carbohydrates by peptide ligands. GE-FBD may provide an alternative to rapidly search for competitive inhibitors for lectins.
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影响因子：
15
作者：
Egger, Jonas;Weckerle, Celine;Ernst, Beat
通讯作者：
Ernst, Beat
影响因子：
15
作者：
Borrok, M. Jack;Kiessling, Laura L.
通讯作者：
Kiessling, Laura L.
DOI：
10.1073/pnas.89.12.5398
发表时间：
1992-06-15
影响因子：
11.1
作者：
SCOTT, JK;LOGANATHAN, D;GOLDSTEIN, IJ
通讯作者：
GOLDSTEIN, IJ
影响因子：
56.9
作者：
Feinberg, H;Mitchell, DA;Weis, WI
通讯作者：
Weis, WI
影响因子：
3.2
作者：
Andreini, Manuel;Doknic, Daniela;Bernardi, Anna
通讯作者：
Bernardi, Anna