CUT&RUNTools: a flexible pipeline for CUT&RUN processing and footprint analysis
CUT&RUNTools: a flexible pipeline for CUT&RUN processing and footprint analysis
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DOI：
10.1186/s13059-019-1802-4
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发表时间：
2019-09-09
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Yuan, Guo-Cheng
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhu, Qian;Liu, Nan;Yuan, Guo-Cheng
我们引入 CUT&RUNTools 作为一个灵活的通用管道，用于促进从抗体靶向的 CUT&RUN 初级切割数据中识别染色质相关蛋白结合和基因组足迹分析。 CUT&RUNTools 从短读片段序列中提取核酸内切酶切割位点信息，并生成单位点结合估计、聚合基序足迹和信息可视化，以支持 CUT&RUN 的高分辨率作图功能。 CUT&RUNTools 可在 https://bitbucket.org/qzhudfci/cutruntools/ 上获取。
We introduce CUT&RUNTools as a flexible, general pipeline for facilitating the identification of chromatin-associated protein binding and genomic footprinting analysis from antibody-targeted CUT&RUN primary cleavage data. CUT&RUNTools extracts endonuclease cut site information from sequences of short-read fragments and produces single-locus binding estimates, aggregate motif footprints, and informative visualizations to support the high-resolution mapping capability of CUT&RUN. CUT&RUNTools is available at https://bitbucket.org/qzhudfci/cutruntools/.