Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
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DOI：
10.1038/s41564-020-0716-y
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发表时间：
2020-08
影响因子：
28.3
通讯作者：
van den Berg B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Madej M;White JBR;Nowakowska Z;Rawson S;Scavenius C;Enghild JJ;Bereta GP;Pothula K;Kleinekathoefer U;Baslé A;Ranson NA;Potempa J;van den Berg B
牙龈卟啉单胞菌是拟杆菌门的一种无糖解菌，是人类牙周炎的重要病原体，也可能导致其他慢性炎症性疾病的发展。牙龈假单胞菌利用从细胞外蛋白中提取的蛋白酶产生的肽来生长，但这些肽如何进入细胞尚不清楚。在这里，我们确定RagAB作为肽的外膜进口。x射线晶体结构显示，转运体形成二聚体raga2b2复合物，RagB底物结合表面锚定脂蛋白在RagA tonb依赖性转运体上形成一个闭合的盖子。低温电子显微镜结构揭示了RagB盖的开口，从而为“踏板箱”营养吸收机制提供了直接证据。结合诱变、肽结合研究和RagAB肽组学，我们的工作确定RagAB是一个动态的、选择性的OM寡肽获取机器，对于牙龈假单胞菌有效利用蛋白质营养物质至关重要。
Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory diseases. P. gingivalis utilizes protease-generated peptides derived from extracellular proteins for growth, but how those peptides enter the cell is not clear. Here we identify RagAB as the outer membrane importer for peptides. X-ray crystal structures show that the transporter forms a dimeric RagA2B2complex, with the RagB substrate-binding surface-anchored lipoprotein forming a closed lid on the RagA TonB-dependent transporter. Cryo-electron microscopy structures reveal the opening of the RagB lid and thus provide direct evidence for a "pedal bin" nutrient uptake mechanism. Together with mutagenesis, peptide bindingstudies and RagAB peptidomics, our work identifies RagAB as a dynamic,selective OM oligopeptide acquisition machine that is essential for the efficient utilisation of proteinaceous nutrients by P. gingivalis.
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影响因子：
4.6
作者：
Ho MH;Lamont RJ;Xie H
通讯作者：
Xie H
影响因子：
64.8
作者：
Glenwright AJ;Pothula KR;Bhamidimarri SP;Chorev DS;Baslé A;Firbank SJ;Zheng H;Robinson CV;Winterhalter M;Kleinekathöfer U;Bolam DN;van den Berg B
通讯作者：
van den Berg B
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
48
作者：
Gibson, Daniel G.;Young, Lei;Smith, Hamilton O.
通讯作者：
Smith, Hamilton O.
影响因子：
--
作者：
Belanger, Myriam;Rodrigues, Paulo;Progulske-Fox, Ann
通讯作者：
Progulske-Fox, Ann