TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data.
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data.
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TRUST 4：从批量和单细胞RNA-seq数据重建免疫库。
DOI：
10.1038/s41592-021-01142-2
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发表时间：
2021-06
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Liu, X. Shirley
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Song, Li;Cohen, David;Ouyang, Zhangyi;Cao, Yang;Hu, Xihao;Liu, X. Shirley
我们介绍了TRUST 4开源算法，用于从RNA-seq数据重建αβ/γδ T细胞和B细胞中的免疫受体库。与竞争方法相比，TRUST 4支持FASTQ和BAM格式，在组装更长甚至全长受体库方面更快，更灵敏。TRUST 4还可以调用来自单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据的库序列，而无需V（D）J富集，并且与SMART-seq和5'10 X Genomics平台兼容。
We introduce the TRUST4 open-source algorithm for reconstructing immune receptor repertoires in αβ/γδ T-cells and B-cells from RNA-seq data. Compared to competing methods, TRUST4 supports both FASTQ and BAM formats, is faster and more sensitive in assembling longer, even full-length, receptor repertoires. TRUST4 can also call repertoire sequences from single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data without V(D)J enrichment, and is compatible with both SMART-seq and 5’ 10X Genomics platforms.
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