Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.
Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome.
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DOI：
10.1186/gb-2009-10-3-r25
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Salzberg SL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
Bowtie：一种新的超快内存高效工具，用于将短DNA序列读数与大基因组对齐。Bowtie是一个超快，内存效率高的比对程序，用于将短DNA序列读数与大基因组进行比对。对于人类基因组，Burrows-Wheeler索引允许Bowtie每CPU小时对齐超过2500万个读取，内存占用约为1.3 GB。Bowtie扩展了以前的Burrows-Wheeler技术，提出了一种允许不匹配的新型质量感知回溯算法。可以同时使用多个处理器内核来实现更快的对齐速度。Bowtie是开源的。
Bowtie: a new ultrafast memory-efficient tool for the alignment of short DNA sequence reads to large genomes. Bowtie is an ultrafast, memory-efficient alignment program for aligning short DNA sequence reads to large genomes. For the human genome, Burrows-Wheeler indexing allows Bowtie to align more than 25 million reads per CPU hour with a memory footprint of approximately 1.3 gigabytes. Bowtie extends previous Burrows-Wheeler techniques with a novel quality-aware backtracking algorithm that permits mismatches. Multiple processor cores can be used simultaneously to achieve even greater alignment speeds. Bowtie is open source .
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