Pathview: an R/Bioconductor package for pathway-based data integration and visualization.
Pathview: an R/Bioconductor package for pathway-based data integration and visualization.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt285
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发表时间：
2013-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Brouwer C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luo W;Brouwer C
摘要：Pathview是一个新颖的基于路径的数据集成和可视化工具集。它将用户数据映射并呈现在相关路径图上。用户只需要提供他们的数据并指定目标路径。Pathview自动下载路径图数据，解析数据文件，将用户数据映射和集成到路径上，并使用映射的数据呈现路径图。虽然Pathview是作为一个独立的程序构建的，但它可以与路径和功能分析工具无缝集成，以实现大规模和全自动化的分析管道。可用性：该软件包可通过Bioconductor和R-Forge在GPL v3许可下免费获得。可在http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pathview.html和http://Pathview.r-forge.r-project.org/上查阅。联系方式：luo_weijun@yahoo.com补充信息：补充数据可从生物信息学在线网站获得。
Summary: Pathview is a novel tool set for pathway-based data integration and visualization. It maps and renders user data on relevant pathway graphs. Users only need to supply their data and specify the target pathway. Pathview automatically downloads the pathway graph data, parses the data file, maps and integrates user data onto the pathway and renders pathway graphs with the mapped data. Although built as a stand-alone program, Pathview may seamlessly integrate with pathway and functional analysis tools for large-scale and fully automated analysis pipelines. Availability: The package is freely available under the GPLv3 license through Bioconductor and R-Forge. It is available at http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/pathview.html and at http://Pathview.r-forge.r-project.org/. Contact: luo_weijun@yahoo.com Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
影响因子：
3
作者：
Luo W;Friedman MS;Shedden K;Hankenson KD;Woolf PJ
通讯作者：
Woolf PJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp167
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Zhang JD;Wiemann S
通讯作者：
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影响因子：
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作者：
Xia, Jianguo;Wishart, David S.
通讯作者：
Wishart, David S.
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作者：
Croft D;O'Kelly G;Wu G;Haw R;Gillespie M;Matthews L;Caudy M;Garapati P;Gopinath G;Jassal B;Jupe S;Kalatskaya I;Mahajan S;May B;Ndegwa N;Schmidt E;Shamovsky V;Yung C;Birney E;Hermjakob H;D'Eustachio P;Stein L
通讯作者：
Stein L