JBrowse: A next-generation genome browser
JBrowse: A next-generation genome browser
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DOI：
10.1101/gr.094607.109
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发表时间：
2009-09-01
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Holmes, Ian H.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Skinner, Mitchell E.;Uzilov, Andrew V.;Holmes, Ian H.
我们描述了一个开源，便携式，基于JavaScript的基因组浏览器Jbrowse，可用于通过网络导航基因组注释。 JBROWSE通过避免不连续的过渡来帮助维护用户的位置感，而是提供平稳的动画平移，缩放，导航和轨道选择。与大多数现有的基因组浏览器不同，该浏览器将基因组渲染到Web服务器上的图像中，并且客户端的作用仅限于显示这些图像，Jbrowse在服务器和客户端之间分发工作，因此与以前的基因组浏览器相比，使用服务器开销要少得多。我们从经验上报告基准结果，以比较服务器和客户端渲染策略，查看Jbrowse的体系结构和设计注意事项，并描述一个简单的Wiki插件，允许用户上传和共享注释轨道。
We describe an open source, portable, JavaScript-based genome browser, JBrowse, that can be used to navigate genome annotations over the web. JBrowse helps preserve the user's sense of location by avoiding discontinuous transitions, instead offering smoothly animated panning, zooming, navigation, and track selection. Unlike most existing genome browsers, where the genome is rendered into images on the webserver and the role of the client is restricted to displaying those images, JBrowse distributes work between the server and client and therefore uses significantly less server overhead than previous genome browsers. We report benchmark results empirically comparing server- and client-side rendering strategies, review the architecture and design considerations of JBrowse, and describe a simple wiki plug-in that allows users to upload and share annotation tracks.