Oligo- and dsDNA-mediated genome editing using a tetA dual selection system in Escherichia coli.
Oligo- and dsDNA-mediated genome editing using a tetA dual selection system in Escherichia coli.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0181501
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Lee SK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ryu YS;Chandran SP;Kim K;Lee SK
精确和无缝地修饰靶基因组的能力是旨在创建有效生物系统的代谢工程和合成生物学技术所需要的。在此，我们报告了一种有前途的方法，在大肠杆菌中，依赖于插入一个优化的tetA双选择盒，然后用短的单链DNA（寡核苷酸）或长的双链DNA替换相同的盒，并通过使用NiCl 2的阴性选择分离重组菌株。这种方法可以快速和成功地用于基因组工程，包括缺失，插入，替换和点突变，而不失活的甲基指导的错配修复（MMR）系统和质粒克隆。我们在这里描述的方法有助于阳性基因组编辑重组体的选择效率从57%到92%不等。使用我们的方法，我们增加了番茄红素的生产（3.4倍），取代核糖体结合位点（RBS）的限速基因（dxs）的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸（DXP）的生物合成途径与强大的RBS。因此，该方法可用于实现无瘢痕的、熟练的和靶向的基因组编辑工程E。大肠杆菌菌株。
The ability to precisely and seamlessly modify a target genome is needed for metabolic engineering and synthetic biology techniques aimed at creating potent biosystems. Herein, we report on a promising method in Escherichia coli that relies on the insertion of an optimized tetA dual selection cassette followed by replacement of the same cassette with short, single-stranded DNA (oligos) or long, double-stranded DNA and the isolation of recombinant strains by negative selection using NiCl2. This method could be rapidly and successfully used for genome engineering, including deletions, insertions, replacements, and point mutations, without inactivation of the methyl-directed mismatch repair (MMR) system and plasmid cloning. The method we describe here facilitates positive genome-edited recombinants with selection efficiencies ranging from 57 to 92%. Using our method, we increased lycopene production (3.4-fold) by replacing the ribosome binding site (RBS) of the rate-limiting gene (dxs) in the 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate (DXP) biosynthesis pathway with a strong RBS. Thus, this method could be used to achieve scarless, proficient, and targeted genome editing for engineering E. coli strains.
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DOI：
10.1073/pnas.121164898
发表时间：
2001-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Ellis, HM;Yu, DG;Court, DL
通讯作者：
Court, DL
影响因子：
14.9
作者：
DeVito JA
通讯作者：
DeVito JA
使用侧接短同源区域的 PCR 产物对假单胞菌进行无痕连续基因修饰
影响因子：
4.2
作者：
Liang, Rubing;Liu, Jianhua
通讯作者：
Liu, Jianhua
DOI：
10.1073/pnas.1019533108
发表时间：
2011-02-08
影响因子：
11.1
作者：
Mahfouz, Magdy M.;Li, Lixin;Zhu, Jian-Kang
通讯作者：
Zhu, Jian-Kang
影响因子：
14.9
作者：
Li XT;Thomason LC;Sawitzke JA;Costantino N;Court DL
通讯作者：
Court DL