SECIMTools: a suite of metabolomics data analysis tools.
SECIMTools: a suite of metabolomics data analysis tools.
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DOI：
10.1186/s12859-018-2134-1
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发表时间：
2018-04-20
影响因子：
3
通讯作者：
McIntyre LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kirpich AS;Ibarra M;Moskalenko O;Fear JM;Gerken J;Mi X;Ashrafi A;Morse AM;McIntyre LM
随着对代谢物进行非靶向分析的高通量技术的快速发展，代谢组学有望改变个性化医疗领域。需要开发对生物界广泛适用的开放获取、易于使用的分析工具。虽然代谢组学中使用的技术各不相同，但大多数代谢组学研究都确定了一组特征。Galaxy是一个开放访问平台，使各级科学家能够与大数据进行交互。Galaxy通过保存历史和使科学家之间共享工作流程来促进再现性。SECIMTools（东南综合代谢组学中心）是一组Python应用程序，既可以作为独立工具使用，也可以包装在Galaxy中使用。该套件包括一套全面的质量控制指标（保留时间窗口评估和各种峰值评估工具）、可视化技术（分层聚类热图、主成分分析、模块化聚类）、基本统计分析方法（偏最小二乘判别分析、方差分析、t检验、Kruskal-Wallis非参数检验）、高级分类方法（随机森林、支持向量机）、和先进的可变选择工具（最小绝对收缩和选择操作LASSO和Elastic Net）。SECIMTools利用Galaxy平台，实现代谢组学数据分析的集成工作流程，这些工作流程由易于使用和可解释性的构建块组成。标准的数据格式和一组实用程序允许工具之间的任意链接，以鼓励新颖的工作流设计。Galaxy框架使代谢组学研究与其他组学数据的未来数据集成成为可能。本文的在线版本（10.1186/s12859-018-2134-1）包含补充材料，授权用户可以使用。
Metabolomics has the promise to transform the area of personalized medicine with the rapid development of high throughput technology for untargeted analysis of metabolites. Open access, easy to use, analytic tools that are broadly accessible to the biological community need to be developed. While technology used in metabolomics varies, most metabolomics studies have a set of features identified. Galaxy is an open access platform that enables scientists at all levels to interact with big data. Galaxy promotes reproducibility by saving histories and enabling the sharing workflows among scientists. SECIMTools (SouthEast Center for Integrated Metabolomics) is a set of Python applications that are available both as standalone tools and wrapped for use in Galaxy. The suite includes a comprehensive set of quality control metrics (retention time window evaluation and various peak evaluation tools), visualization techniques (hierarchical cluster heatmap, principal component analysis, modular modularity clustering), basic statistical analysis methods (partial least squares - discriminant analysis, analysis of variance, t-test, Kruskal-Wallis non-parametric test), advanced classification methods (random forest, support vector machines), and advanced variable selection tools (least absolute shrinkage and selection operator LASSO and Elastic Net). SECIMTools leverages the Galaxy platform and enables integrated workflows for metabolomics data analysis made from building blocks designed for easy use and interpretability. Standard data formats and a set of utilities allow arbitrary linkages between tools to encourage novel workflow designs. The Galaxy framework enables future data integration for metabolomics studies with other omics data. The online version of this article (10.1186/s12859-018-2134-1) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
3
作者：
Guo Y;Graber A;McBurney RN;Balasubramanian R
通讯作者：
Balasubramanian R
影响因子：
9.2
作者：
Davidson RL;Weber RJ;Liu H;Sharma-Oates A;Viant MR
通讯作者：
Viant MR
影响因子：
2.5
作者：
HOERL, AE;KENNARD, RW
通讯作者：
KENNARD, RW
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
30.8
作者：
Ayroles, Julien F.;Carbone, Mary Anna;Stone, Eric A.;Jordan, Katherine W.;Lyman, Richard F.;Magwire, Michael M.;Rollmann, Stephanie M.;Duncan, Laura H.;Lawrence, Faye;Anholt, Robert R. H.;Mackay, Trudy F. C.
通讯作者：
Mackay, Trudy F. C.