Genome-wide study of DNA methylation shows alterations in metabolic, inflammatory, and cholesterol pathways in ALS.
Genome-wide study of DNA methylation shows alterations in metabolic, inflammatory, and cholesterol pathways in ALS.
复制标题
全基因组DNA甲基化研究显示，ALS的代谢、炎症和胆固醇途径发生了变化。
DOI：
10.1126/scitranslmed.abj0264
复制
发表时间：
2022-02-23
影响因子：
17.1
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
肌萎缩侧索硬化症 (ALS) 是一种致命的神经退行性疾病，估计遗传力在 40% 至 50% 之间。 DNA 甲基化模式可以作为（过去）暴露和疾病进展的代理，并提供介导遗传或环境风险的潜在机制。在这里，我们对 9706 个通过严格质量控制的样本（6763 名患者，2943 名对照）进行了基于血液的全表观基因组关联研究荟萃分析。我们总共鉴定了 42 个基因注释的 45 个差异甲基化位置 (DMP)，这些位置丰富了与代谢、胆固醇生物合成和免疫相关的途径和特征。然后，我们测试了 39 个基于 DNA 甲基化的推定 ALS 危险因素代理，发现高密度脂蛋白胆固醇、体重指数、白细胞比例和酒精摄入量与 ALS 独立相关。将这些结果与我们最新的全基因组关联研究相结合表明，胆固醇生物合成可能与 ALS 存在因果关系。最后，几个 DMP 的 DNA 甲基化和从 DNA 甲基化数据得出的血细胞比例估计值与患者的生存率相关，表明它们可能代表可能适合治疗干预的潜在疾病过程的指标。
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease with an estimated heritability between 40 and 50%. DNA methylation patterns can serve as proxies of (past) exposures and disease progression, as well as providing a potential mechanism that mediates genetic or environmental risk. Here, we present a blood-based epigenome-wide association study meta-analysis in 9706 samples passing stringent quality control (6763 patients, 2943 controls). We identified a total of 45 differentially methylated positions (DMPs) annotated to 42 genes, which are enriched for pathways and traits related to metabolism, cholesterol biosynthesis, and immunity. We then tested 39 DNA methylation–based proxies of putative ALS risk factors and found that high-density lipoprotein cholesterol, body mass index, white blood cell proportions, and alcohol intake were independently associated with ALS. Integration of these results with our latest genome-wide association study showed that cholesterol biosynthesis was potentially causally related to ALS. Last, DNA methylation at several DMPs and blood cell proportion estimates derived from DNA methylation data were associated with survival rate in patients, suggesting that they might represent indicators of underlying disease processes potentially amenable to therapeutic interventions.
登录
查看更多内容
人类血液和大脑衰老的一致性和不一致的DNA甲基化特征。
影响因子：
3.9
作者：
Farré P;Jones MJ;Meaney MJ;Emberly E;Turecki G;Kobor MS
通讯作者：
Kobor MS
全基因组甲基化谱揭示了人类衰老速度的定量观点。
影响因子：
16
作者：
Hannum, Gregory;Guinney, Justin;Zhao, Ling;Zhang, Li;Hughes, Guy;Sadda, SriniVas;Klotzle, Brandy;Bibikova, Marina;Fan, Jian-Bing;Gao, Yuan;Deconde, Rob;Chen, Menzies;Rajapakse, Indika;Friend, Stephen;Ideker, Trey;Zhang, Kang
通讯作者：
Zhang, Kang
影响因子：
4.8
作者：
Béland LC;Markovinovic A;Jakovac H;De Marchi F;Bilic E;Mazzini L;Kriz J;Munitic I
通讯作者：
Munitic I
影响因子：
12.3
作者：
Horvath S
通讯作者：
Horvath S
DOI：
10.1088/1742-5468/2008/10/p10008
发表时间：
2008-10-01
影响因子：
2.4
作者：
Blondel, Vincent D.;Guillaume, Jean-Loup;Lefebvre, Etienne
通讯作者：
Lefebvre, Etienne