Dynamical Modelling of RNA-ligand complexes (A05)

Das molecular ululische Verständnis von maßgeschneiderten rna and von rna -配体复合物benötigt molecular dynamische Ansätze， die einen weiten Bereich von experimentell zugänglichen Zeitskalen umfassen。(1)核糖体开关- rnas的活性研究；(2)光活化螺吡喃和偶氮苯的活性研究；合成与光谱分析，和（ii）构造学Übergänge， die mitteles pulster epr - spektroskie和nmr - spektroskie untersucht werden， zu modellien。Dabei sollen Methoden, die die elektronische strucktur von angeregten Zuständen beschreiben, zusammen mit gemischt quantenmechanischen Verfahren angewandt werden， um die相关photoschaltfunction en detailliert zu beschreiben。Die Modellierung schließt einterseits Vorgänge im Femtosekundenbereich, Die frr Die Spiropyran and Azobenzol-Chromophore charterisch sind, and dererseits spezifische rnchromophhorwehselwirkungen in。本文介绍了光导开关的基本原理，并对光导开关的性能进行了优化。[enddurch] Photo-Anregung industrierten konformationellen Übergänge sollen mit einer结合分子动力学-(MD)- rechungen, Methoden der Berechnung der freien energy and kinetischen Ansätzen beschrieben werden，在r<s:1> ckkopplung mit实验数据中心。Wir werden zudem zur互补epr - spinmarkierung实验系统，结构和构造，Flexibilität von tertiär gefalteten rna -动机结构，sowie Intermediate der Faltung bzw。r<s:1> ckfaltung von RNA, die mittelels NMR-Spektroskopie beobachtet werden können, beschreiben。

Das molekulare Verständnis von maßgeschneiderten RNAs und von RNA-Ligand-Komplexen benötigt molekulardynamische Ansätze, die einen weiten Bereich von experimentell zugänglichen Zeitskalen umfassen. Wir werden uns in diesem Antrag darauf konzentrieren, (i) die kontrollierte Aktivierung von Riboswitch-RNAs mittels photoaktiven Spiropyranen und Azobenzolen zu untersuchen, die z.Zt. synthetisiert und spektroskopisch untersucht werden, und (ii) konformationelle Übergänge, die mittels gepulster EPR-Spektroskopie und NMR-Spektroskopie untersucht werden, zu modellieren. Dabei sollen Methoden, die die elektronische Struktur von angeregten Zuständen beschreiben, zusammen mit gemischt quantenmechanischen und klassisch-mechanischen Verfahren angewandt werden, um die relevanten Photoschaltfunktionen detailliert zu beschreiben. Die Modellierung schließt einerseits Vorgänge im Femtosekundenbereich, die für die Spiropyran und Azobenzol-Chromophore charakteristisch sind, und andererseits spezifische RNAChromophorwechselwirkungen ein. Auf der Basis eines daraus ableitbaren mechanistischen Verständnisses sollen theoretische Vorhersagen gemacht werden, um die Photoswitchfunktion zu optimieren. Die durch Photo-Anregung induzierten konformationellen Übergänge sollen mit einer Kombination aus Molekulardynamik-(MD)-Rechnungen, Methoden der Berechnung der freien Energie und kinetischen Ansätzen beschrieben werden, in Rückkopplung mit experimentellen Daten. Wir werden zudem zur Komplementierung von EPR-Spinmarkierungsexperimenten systematisch die Struktur und konformationelle Flexibilität von tertiär gefalteten RNA-Motiven untersuchen, sowie Intermediate der Faltung bzw. Rückfaltung von RNA, die mittels NMR-Spektroskopie beobachtet werden können, beschreiben.