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シロアリにおけるゲノム構造と化学受容体遺伝子族の進化

シロアリにおけるゲノム構造と化学受容体遺伝子族の進化
白蚁化学感受器基因家族的基因组结构和进化
批准号:
21J10398
负责人:
Audisio Tracy Lynn
金额:
$0.96万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2021-04-28 至 2023-03-31
关键词:

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
所有的基因组都已经为这个项目进行了测序和组装。最终的数据集包括48个基因组,其中26个是支架的。这些基因组的平均N50为43Mb,Busco完整性分数为99.4%,QV分数为45。基因组进化的管道已经过测试,并表明基因组结构在白蚁之间相对保守。大多数结构变体由拷贝数变体(插入和删除)和转座元件组成。一份比对和新的系统发育树正在生成,以绘制变异体的图谱。然后,变异将被链接到不同的生态路径。我在两次国际和两次国内会议上展示了初步结果。手稿正在准备中。
英文摘要
All genomes have been sequenced and assembled for this project. The final dataset includes 48 genomes, 26 of which are scaffolded. These genomes have an average N50 of 43 Mb, BUSCO completeness scores of 99.4%, and QV scores of 45. Pipelines for genome evolution have been tested and suggest that genome architecture is relatively well conserved across termites. Most structural variants consist of copy number variants (insertions and deletions) and transposable elements. An alignment and new phylogenetic tree are being generated to map the variants. Variants will then be linked to different ecological traits.I presented the preliminary results at two international and two domestic conferences. Manuscripts are in preparation.
期刊论文(4)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Near chromosome-level assemblies reveal that genome structure is highly conserved in termites
近染色体水平的组装揭示了白蚁的基因组结构高度保守
DOI: --
发表时间: 2022
期刊:
影响因子: --
作者: [Ainash Garifullina, Amy Q. Shen, 柴 亜東,周 燕ジ,多賀谷 基博, Audisio Tracy Lynn & Bourguignon Thomas]
通讯作者: Audisio Tracy Lynn & Bourguignon Thomas
Genome evolution in termites
白蚁的基因组进化
DOI: --
发表时间: 2022
期刊:
影响因子: --
作者: [森田敦也, 中山瑞穂, 大島浩子, 大島正伸, Rachapun Rotrattanadumrong, Audisio Tracy Lynn & Bourguignon Thomas]
通讯作者: Audisio Tracy Lynn & Bourguignon Thomas
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