Algorithms for solving the sum-of-ratios problem using polynomialrelaxations and its application to sequence alignment
Algorithms for solving the sum-of-ratios problem using polynomialrelaxations and its application to sequence alignment
使用多项式松弛求解比率和问题的算法及其在序列比对中的应用
批准号：
19510135
负责人：
SHI Jianming
金额：
$0.83万
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
中文摘要
翻译
生体生命における情報の中に共通配列(モチーフ)を探し出すことを研究の目的である. モチーフを評価するため, 情報量に基き, ある種の分数和を最大化することが必要である. 本研究はこのような既存の分数和を最大にする計算方法(アルゴリズム)を研究し, 2005に発表されたモチーフ抽出アルゴリズムを大幅改良した. 数値実験の結果では,計算速度を2900倍に速くすることに成功した.
英文摘要
生体生命における情報の中に共通配列(モチーフ)を探し出すことを研究の目的である. モチーフを評価するため, 情報量に基き, ある種の分数和を最大化することが必要である. 本研究はこのような既存の分数和を最大にする計算方法(アルゴリズム)を研究し, 2005に発表されたモチーフ抽出アルゴリズムを大幅改良した. 数値実験の結果では,計算速度を2900倍に速くすることに成功した.
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会议论文
ACOを用いたモチーフ抽出アルゴリズムに関する研究
基于ACO的基序提取算法研究
基于ACO的基序提取算法研究
DOI：
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发表时间：
2007
期刊：
IPSJ SIG Technical Report 2007-BIO-11
影响因子：
--
作者：
[Ai Mikami/Jianming Shi, 三上あい/施建明]
通讯作者：
三上あい/施建明
DOI：
10.2197/ipsjtbio.2.63
发表时间：
2009-12
期刊：
Ipsj Transactions on Bioinformatics
影响因子：
--
作者：
[A. Mikami;Jianming Shi]
通讯作者：
A. Mikami;Jianming Shi
DOI：
--
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
--
作者：
[Ai Mikami/Jianming Shi, 三上あい/施建明, Jianming Shi]
通讯作者：
Jianming Shi
Algorithms for prediction of MHC binders using mathematical optimization models
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批准号：23510152
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项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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资助金额：$2.0万
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财政年份：2011
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负责人：SHI Jianming
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依托单位：