Dynamics of Chromatin Accessibility and Proteome Distribution in Living Cells

这两个共同的主题是使复合物分子在染色质中的流动性和它们与活性或非活性染色质的相互作用。Unsere vorläufigen Daten zeigen，dageneinige GFP Fusionen von chromatindichten Zellkernregionen ausgeschlossen sind und dagendiese ungleiche Verteilung aktiv erhalten wird.我们要去找他，因为他已经把这件事告诉了他，不管是他的亲戚还是朋友。Ferner soll untersucht韦尔登，ob diese räumliche Proteinverteilung mit untersudlichen Diffusionsraten korreliert und welche Eigenschaften der Chromatinorganisation dafür verantwortlich sind.我们将在染色质结构和组织化学上研究转录激活、DNA甲基化和组蛋白修饰的作用。我们将韦尔登转基因技术与两种不同的操作者阵列相结合，以标记绿色和荧光蛋白。Die Verwendung von zwei Fluorophoren ermöglicht eine präzise Distanzmessung jenseits der optischen Auflösungsampleze.在DNA和组织学修饰的基础上，可以用韦尔登标记DNA和组织学修饰。Vernedene Modifikations-enzyme sollen specifisch zu diesen markierten Domänen rekrutiert韦尔登.这一合作旨在实现基因组功能的原则和效果。 总结：这项合作的共同目标是确定大分子复合物在活细胞中的流动性，以及它们与转录活性或非活性染色质的接触和相互作用。我们的初步数据表明，一些绿色荧光蛋白融合蛋白被排除在染色质密集区的细胞核，这种不均匀的分布是积极维持。现在，我们想研究染色质是否取决于大小，电荷或亲和力。此外，我们将研究蛋白质在细胞核中的不均匀分布是否与扩散速率的空间差异相关。与此同时，我们想研究哪些特征的染色质组织负责这种排斥。我们希望评估转录激活、DNA甲基化和组蛋白修饰对染色质组织和可及性的影响。我们将产生可诱导的转基因，其特征在于用绿色和红色荧光结合蛋白标记的两种不同的操纵子阵列。使用光谱上不同的荧光团将允许超过光学分辨率限制的精确距离测量。更大的阵列将用于标记整个染色质结构域，并确定它们的大小和可接近性作为DNA和组蛋白修饰的函数。不同的修饰酶将通过操纵子阵列特异性地募集到这些标记的结构域。这个合作项目应该有助于阐明功能基因组组织的原则和影响。

Das gemeinsame Thema dieser Zusammenarbeit ist die Mobilität von makromolekularen Komplexen in lebenden Zellen und ihre Interaktion mit aktivem oder inaktivem Chromatin. Unsere vorläufigen Daten zeigen, daß einige GFP Fusionen von chromatindichten Zellkernregionen ausgeschlossen sind und daß diese ungleiche Verteilung aktiv erhalten wird. Wir wollen jetzt untersuchen, ob diese Verteilung von ihrer Größe, Ladung oder Affinität abhängt. Ferner soll untersucht werden, ob diese räumliche Proteinverteilung mit unterschiedlichen Diffusionsraten korreliert und welche Eigenschaften der Chromatinorganisation dafür verantwortlich sind. Wir wollen den Effekt von Transkriptions-aktivierung, DNA Methylierung und Histonmodifikation auf Chromatinstruktur und Zugänglichkeit untersuchen. Wir werden induzierbare Transgene mit zwei verschiedenen Operatorarrays zur Markierung mit grün und rot fluoreszierenden Proteinen herstellen. Die Verwendung von zwei Fluorophoren ermöglicht eine präzise Distanzmessung jenseits der optischen Auflösungsgrenze. Ferner sollen ganze Chromatindomänen markiert werden um deren Größe und Zugänglichkeit in Abhängigkeit von DNA und Histonmodifikationen zu untersuchen. Verschiedene Modifikations-enzyme sollen spezifisch zu diesen markierten Domänen rekrutiert werden. Diese Kooperation soll zum Verständnis der Prinzipien und Effekte der funktionellen Genomorganisation beitragen. Summary: The common goal of this collaboration is to determine the mobility of macromolecular complexes in living cells as well as their access to and their interaction with transcriptionally active or inactive chromatin. Our preliminary data indicate that some GFP fusion proteins are excluded from chromatin dense regions of the nucleus and that this uneven distribution is actively maintained. Now, we want to study whether access to chromatin depends on size, charge or affinity. In addition, we will investigate whether the uneven distribution of proteins in the nucleus correlates with spatial differences in diffusion rates. In parallel, we want to investigate which features of chromatin organisation are responsible for this exclusion. We want to assess the effect of transcriptional activation, DNA methylation and histone modifications on chromatin organisation and accessibility. We will generate inducible transgenes featuring two different operator arrays labelled with green and red fluorescent binding proteins. The use of spectrally distinct fluorophores will allow a precise distance measurement beyond the optical resolution limit. Larger arrays will be used to labelled entire chromatin domains and to determine their size and accessibility as a function of DNA and histone modifications. Different modifying enzymes will be specifically recruited to these labelled domains via the operator arrays. This collaborative project should help to elucidate the principles and effects of functional genome organisation.