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Tertiary structure prediction by multi-scale simulation

Tertiary structure prediction by multi-scale simulation
通过多尺度模拟进行三级结构预测
批准号:
23700359
负责人:
KAMEDA Tomoshi
金额:
$3.0万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份:
2011
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2011 至 2012

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
我们发展了RNA分子的粗粒度模型。我们的模型由3种类型的珠子组成(P:磷酸盐,S:糖,B:碱)。利用该模型对RNA进行了分子动力学模拟,正确预测了RNA的天然三级结构。
英文摘要
We developed the coarse-grained model of RNA molecule. Our model consists of 3 type beads(P: Phosphate, S: sugar, B: Base). Using this model, we carried out molecular dynamics simulation of RNA, which predicted native tertiary structure correctly.
期刊论文(0)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
DOI: --
发表时间: 2012
期刊:
影响因子: --
作者: [Okamoto M, Hojo Y, Inoue K, Matsui T, Kawato S, Mc Ewen BS, Soya H., 亀田倫史]
通讯作者: 亀田倫史
蛋白質異常凝集の原理と制御
蛋白质异常聚集的原理及控制
DOI: --
发表时间: 2011
期刊:
影响因子: --
作者: [Ohkawa Y, Mallappa C, Vallaster CS, Imbalzano AN., 黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元]
通讯作者: 黒田裕,八木寿梓,長谷川一浩,青島貞人,佐崎元
DOI: 10.1002/jcc.21703
发表时间: 2011-05-01
期刊: JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
影响因子: 3
作者: [Terakawa, Tsuyoshi, Kameda, Tomoshi, Takada, Shoji]
通讯作者: Takada, Shoji
Combined Use of Replica-Exchange Molecular Dynamics and Magic-Angle-Spinning Solid-State NMR Spectral Simulations for Determining the Structure and Orientation of Membrane-Bound Peptide
结合使用复制交换分子动力学和魔角旋转固态核磁共振波谱模拟来确定膜结合肽的结构和方向
DOI: 10.1021/jp205290t
发表时间: 2011
期刊: J. Phys. Chem. B
影响因子: 3.3
作者: [Keisuke Ikeda, Tomoshi Kameda, Erisa Harada, Hideo Akutsu, and Toshimichi Fujiwara]
通讯作者: and Toshimichi Fujiwara
共 7 条
    国内基金
    海外基金
    免标记CRISPR-RNA适配体与门逻辑分子诊断新方法研究
    • 批准号:
      2026JJ50010
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2026
    • 负责人:
      应站明
    • 依托单位:
    RNA m6A修饰通过调控FDX1介导的铜死亡参与补阳还五汤抗脑缺血再灌注损伤作用机制的研究
    • 批准号:
      2026JJ81091
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2026
    • 负责人:
      刘亮
    • 依托单位:
    基于合成生物标志物的超多重RNA数字化检测平台用于肿瘤精准诊断和分期评估
    • 批准号:
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2026
    • 负责人:
      程子译
    • 依托单位:
    RNA 结合蛋白HuR与VEGF-D联合调控舌鳞癌侵袭及转移机制的研究
    • 批准号:
      2026JJ80684
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      --
    • 批准年份:
      2026
    • 负责人:
      龚攀
    • 依托单位: