Untersuchung transkriptionsregulierender DNA/Protein-Interaktion mit einem DNA Kraftsensor

当我们发现DNA和蛋白质或药物通过生物学方法结合时，我们会发现在大多数的Fällen中，Wechselfkung的特性是非常重要的。Der Grund darin liegt im großen experimentellen Aufwand der Einzelmolekülexperimente，die bisher zur Bestimmung von Bindungskräften nötig sind.在该项目中，我们将对不同的结合方式进行优化，并对结合DNA调节蛋白质的特性进行韦尔登。Synthetische DNA-Oligos sollen dabei als molekulare Analog-Digitalwandler für die Messung der DNA/Protein-Bindungskräfte zur Anwendung kommen.通过蒙特-卡罗-模拟和潮流计算可以得到最佳的韦尔登，这样就可以得到一个并行格式的快速动态分子复合体韦尔登。基于对称DNA双链体结构，可在不同的工艺条件下对不同类型的蛋白质进行结合。Diese Messungen sollen hinführen zum eigentlichen Ziel，der Klärung der Rolle versedener Cofaktoren für die Aktivität der RNA-Polymerase.

Von wenigen Ausnahmen abgesehen beschreiben wir die Bindung zwischen DNA und Proteinen oder Pharmaka durch thermodynamische Größen, obwohl Kräfte zur Charakterisierung der Wechselwirkung in den meisten Fällen viel zweckmäßiger sind. Der Grund darin liegt im großen experimentellen Aufwand der Einzelmolekülexperimente, die bisher zur Bestimmung von Bindungskräften nötig sind. In dem hier vorgeschlagenen Projekt soll jüngst vorgestelltes Verfahren zur Ensemblemessung differentieller Bindungskräfte weiterentwickelt und zur Charakterisierung der Bindung DNA-regulierender Proteine eingesetzt werden. Synthetische DNA-Oligos sollen dabei als molekulare Analog-Digitalwandler für die Messung der DNA/Protein-Bindungskräfte zur Anwendung kommen. Deren Arbeitspunkte sollen durch Monte-Carlo-Simulationen und Trennkraftmessungen derart optimiert werden, dass ein breiter dynamischer Bereich molekularer Komplexe in einem parallelen Format untersucht werden kann. Basierend darauf sollen symmetrische DNA-Duplex-Konstrukte als Bindungspartner für verschiedene Bindungsproteine in differentellen Kraftmessungen eingesetzt werden. Diese Messungen sollen hinführen zum eigentlichen Ziel, der Klärung der Rolle verschiedener Cofaktoren für die Aktivität der RNA-Polymerase.