Epigenetic regulation through the formation and resolution of R loops

项目总结： 染色质是非真核生物细胞核中DNA片段的主要包装材料，它是一个非常有活力的实体，它不受影响。 通过对细胞的复制、转录和修复等过程的研究，表达了我们对基因调控的看法。 它们已经从关于DNA序列变化的简单概念演变成一个更加复杂的概念。 这一观点认为，它考虑到了多种表观遗传因素，如染色质结构。 染色质的组成和一个三维基因组的组织。在过去的十年里，他们取得了很大的进步。 人们一直在关注染色质的表观遗传学改变，包括翻译后的改变。 对染色质和组件的修改，以及长时间的非编码RNA的修改，可以将DNA本地化，以进行控制和监管。 基因、基因和基因最近在基因组和组织结构中发生了大规模的变化，这些变化可能会影响它们的相互作用。 在遥远的基因组区域之间。然而，表观遗传学基因调控的一个方面是，它已经发生了变化。 在可能发生的染色质结构的最新变化中，收到了令人惊讶的少量关注。 作为转录的一个结果，基因转录非常普遍，在非真核生物中占90%以上。 基因组是产生核糖核酸的物质。最常见的核染色质结构是由核糖核酸、蛋白质和核糖核酸决定的。 转录，如RR基因环路，不太可能对表观遗传学基因转录调控做出重大贡献。 但具体是如何形成的还不清楚。DNA环是在实验过程中形成的三链核酸结构。 转录：当转录成为一种新的RNA时，无论是一种非编码的RNA，还是一种很长的非编码的RNA，它都会入侵dsDNA，并形成。 一种核糖核酸-脱氧核糖核酸杂交体和一种取代了单链DNA的单链DNA。在正常的工作条件下，单链单链在几乎所有的情况下都能发挥作用。 基因和调控方面的问题，但不是R环的异常形成过程，也就是基因成分中可能存在的突变。 在调节它们的过程中，它通常与几种常见的神经退行性疾病和癌症有关。 特别是在重复扩张和紊乱方面的相关研究，以及他们在计划外形成的研究结果在未来几年中的变化。 基因转录异常与疾病和病理。但不知道是什么原因导致基因循环异常形成。 一旦被创造出来，解决的问题仍然是未知的。在识别主要的分子生物学参与者的过程中，这一功能发挥着重要的作用。 环路治疗是朝着以RR环路为目标迈出的非常重要的一步，目的是寻找新的神经功能障碍的治疗方法。 我们将开发新的监管方法论，以进一步隔离企业，并确定监管机构的监管回路，从而创建一种新的监管框架。 分子生物学工具需要阐明这些监管机构之间的机制，并最终进行一项新的分子生物学研究。 筛查的方法是通过建立一个致病的转录因子循环来进一步识别促进转录的因素。 形成了重复。因此，我们可以期待他们能够确定新的监管机构对他们的循环的看法，这可能会导致他们的新奇。 治疗药物的候选人可能是神经退行性疾病或重复扩张的疾病。

Project Summary  Chromatin, the packaging for DNA in the eukaryotic nucleus, is a dynamic entity that is affected  by cellular processes such as replication, transcription and repair.  Our views on gene regulation  have  evolved  from  simple  notions  about  changes  in  DNA  sequence,  to  a  more  complex  perspective  that  takes  into  account  multiple  epigenetic  factors  such  as  chromatin  structure,  chromatin composition and three-­dimensional genome organization.  Over the last decade, much  attention  has  been  devoted  to  epigenetic  alterations  in  chromatin,  including  post  translational  modifications  of  chromatin  components,  long  non-­coding  RNAs  that  localize  to  and  regulate  genes,  and  most  recently  large  scale  changes  in  genome  organization  that  affect  interactions  between distant genomic regions.  However, one aspect of epigenetic gene regulation that has  received a surprisingly small amount of attention is the changes in chromatin structure that occur  as a consequence of transcription.  Transcription is pervasive, with over 90% of the eukaryotic  genome producing RNAs.  The common chromatin structures that result from, and depend on  transcription, such as R loops, are likely to contribute significantly to epigenetic gene regulation.   But  exactly  how  is  not  known.    R  loops  are  triplex  nucleic  acid  structures  formed  during  transcription when an RNA, either an mRNA or a long non-­coding RNA, invades dsDNA, forming  an RNA-­DNA hybrid and a displaced ssDNA.  Under normal conditions, R loops function in all  aspects of gene regulation, but aberrant formation of R loops, or mutations in components that  regulate them, is associated with several neurodegenerative diseases and cancers.  R loops are  especially  relevant  in  repeat  expansion  disorders  where  their  unscheduled  formation  results  in  aberrant transcription and disease pathology.  But what causes R loops to form aberrantly or be  resolved  once  created  remains  unknown.    Identifying  the  molecular  players  that  function  at  R  loops is an important step toward targeting R loops for therapies for neurological disorders.  We  will develop new methodologies to isolate and identify R loop regulators, create a framework of  molecular  tools  to  elucidate  mechanisms  of  these  regulators  and  finally  undertake  a  molecular  screening  approach  to  identify  factors  that  facilitate  transcription  through  a  pathogenic  R  loop  forming repeat.  As a result, we expect to identify new regulators of R loops that can lead to novel  therapeutic candidates for neurodegenerative repeat expansion disorders.