Identification and Quantification of Murine Mitochondrial Proteoforms Using an Integrated Top-Down and Intact-Mass Strategy.
Identification and Quantification of Murine Mitochondrial Proteoforms Using an Integrated Top-Down and Intact-Mass Strategy.
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DOI：
10.1021/acs.jproteome.8b00469
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发表时间：
2018-10-05
影响因子：
4.4
通讯作者：
Smith LM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schaffer LV;Rensvold JW;Shortreed MR;Cesnik AJ;Jochem A;Scalf M;Frey BL;Pagliarini DJ;Smith LM
制定有效的策略来全面识别和定量复杂系统中的蛋白质形式是蛋白质组学中的一个关键挑战。蛋白质形式是蛋白质在生物系统中存在的特定分子形式，是生物功能的关键效应物。因此，了解蛋白质形式的特性和丰度对于揭示蛋白质功能的机制至关重要。我们最近报道了一种策略，该策略将传统的自上而下质谱法与完整质量测定相结合，以增强蛋白质型鉴定和蛋白质型家族的阐明，并将其应用于酵母细胞裂解物的分析。在目前的工作中，我们扩展了这一策略以实现蛋白质形式的量化，并且我们检查了小鼠成肌细胞分化为肌管时小鼠线粒体蛋白质形式丰度的变化。与单独的自上而下相比，集成的自上而下和完整质量策略使鉴定的蛋白质形式数量增加了约 37%，这与我们之前在酵母中的工作一致；使用综合策略鉴定出 1779 种独特的蛋白质形式，而仅使用自上而下分析则鉴定出 1301 种独特的蛋白质形式。成肌细胞和肌管细胞类型之间蛋白质型差异的定量比较显示，观察到的 129 种蛋白质型表现出统计上显着的丰度变化（倍数变化 > 2 且错误发现率 < 5%）。
The development of effective strategies for the comprehensive identification and quantification of proteoforms in complex systems is a critical challenge in proteomics. Proteoforms, the specific molecular forms in which proteins are present in biological systems, are the key effectors of biological function. Thus, knowledge of proteoform identities and abundances is essential to unraveling the mechanisms that underlie protein function. We recently reported a strategy that integrates conventional top-down mass spectrometry with intact-mass determinations for enhanced proteoform identifications and the elucidation of proteoform families and applied it to the analysis of yeast cell lysate. In the present work, we extend this strategy to enable quantification of proteoforms, and we examine changes in the abundance of murine mitochondrial proteoforms upon differentiation of mouse myoblasts to myotubes. The integrated top-down and intact-mass strategy provided an increase of ~37% in the number of identified proteoforms compared to top-down alone, which is in agreement with our previous work in yeast; 1779 unique proteoforms were identified using the integrated strategy, compared to 1301 using top-down analysis alone. Quantitative comparison of proteoform differences between the myoblast and myotube cell types showed 129 observed proteoforms exhibiting statistically significant abundance changes (fold change > 2 and false discovery rate < 5%).
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DOI：
10.1042/bj20081386
发表时间：
2009-01-01
期刊：
The Biochemical journal
影响因子：
--
作者：
Murphy MP
通讯作者：
Murphy MP
影响因子：
7.4
作者：
Chen B;Brown KA;Lin Z;Ge Y
通讯作者：
Ge Y
影响因子：
4.4
作者：
LeDuc, Richard D.;Fellers, Ryan T.;Early, Bryan P.;Greer, Joseph B.;Thomas, Paul M.;Kelleher, Neil L.
通讯作者：
Kelleher, Neil L.
DOI：
10.1007/978-1-62703-405-0_10
发表时间：
2013-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Mazur, Matthew T;Cardasis, Helene L
通讯作者：
Cardasis, Helene L
DOI：
10.4081/ejh.2009.e31
发表时间：
2009-12-29
期刊：
European journal of histochemistry : EJH
影响因子：
--
作者：
Casadei L;Vallorani L;Gioacchini AM;Guescini M;Burattini S;D'Emilio A;Biagiotti L;Falcieri E;Stocchi V
通讯作者：
Stocchi V