Comparison of three quantitative phosphoproteomic strategies to study receptor tyrosine kinase signaling.
Comparison of three quantitative phosphoproteomic strategies to study receptor tyrosine kinase signaling.
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DOI：
10.1021/pr200697x
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发表时间：
2011-12-02
影响因子：
4.4
通讯作者：
Neubert, Thomas A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Guoan;Neubert, Thomas A.
关键词：
有三种最常用于研究受体酪氨酸激酶（RTK）信号传导的定量磷酸蛋白质组学策略。这些策略量化以下方面的变化：（1）通过二氧化钛或固定化金属亲和色谱富集磷酸肽后的所有三种形式的磷酸位点（磷酸丝氨酸、磷酸苏氨酸和磷酸酪氨酸）;（2）磷酸酪氨酸肽的抗磷酸酪氨酸抗体富集后的磷酸酪氨酸位点;或（3）抗磷酸酪氨酸蛋白免疫沉淀后的磷酸酪氨酸蛋白及其结合配偶体。然而，从文献中并不清楚哪种策略更有效。在这项研究中，我们评估了这三个磷酸化蛋白质组学策略在RTK信号研究中的效用，以EphB受体信号为例。我们使用了所有三种策略与稳定同位素标记的氨基酸在细胞培养物（SILAC）比较磷酸化蛋白质组EphB受体激活后的变化。我们使用生物信息学分析来比较三种分析的结果。我们的研究结果表明，这三种策略提供了RTK途径的互补信息。定量磷酸蛋白质组学策略最常用于研究受体酪氨酸激酶（RTK）信号传导，其通过定量以下方面的变化：（1）含有pS、pT或pY的磷酸肽;（2）含有磷酸酪氨酸的肽;（3）含有磷酸酪氨酸的蛋白质。在这项研究中，我们评估了三种策略的实用性RTK信号的研究，通过使用EphB受体信号作为一个例子。我们的研究结果表明，这三种策略是非常互补的，在提供有关RTK途径的信息。
There are three quantitative phosphoproteomic strategies most commonly used to study receptor tyrosine kinase (RTK) signaling. These strategies quantify changes in: (1) all three forms of phosphosites (phosphoserine, phosphothreonine and phosphotyrosine) following enrichment of phosphopeptides by titanium dioxide or immobilized metal affinity chromatography; (2) phosphotyrosine sites following anti- phosphotyrosine antibody enrichment of phosphotyrosine peptides; or (3) phosphotyrosine proteins and their binding partners following anti-phosphotyrosine protein immunoprecipitation. However, it is not clear from literature which strategy is more effective. In this study, we assessed the utility of these three phosphoproteomic strategies in RTK signaling studies by using EphB receptor signaling as an example. We used all three strategies with stable isotope labeling with amino acids in cell culture (SILAC) to compare changes in phosphoproteomes upon EphB receptor activation. We used bioinformatic analysis to compare results from the three analyses. Our results show that the three strategies provide complementary information about RTK pathways. Quantitative phosphoproteomic strategies are most commonly used to study receptor tyrosine kinase (RTK) signaling by quantifying changes in: (1) phosphopeptides containing pS, pT, or pY; (2) phosphotyrosine-containing peptides; (3) phosphotyrosine-containing proteins. In this study, we assessed the utility of the three strategies for RTK signaling studies by using EphB receptor signaling as an example. Our results show that the three strategies are very complementary in providing information about RTK pathways.
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