Structural and dynamic studies of the human RNA binding protein RBM3 reveals the molecular basis of its oligomerization and RNA recognition
Structural and dynamic studies of the human RNA binding protein RBM3 reveals the molecular basis of its oligomerization and RNA recognition
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人类RNA结合蛋白RBM3的结构和动态研究揭示了其寡聚化和RNA识别的分子基础
DOI：
10.1111/febs.16301
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
De, Soumya
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roy, Sayantani;Boral, Soumendu;Maiti, Snigdha;Kushwaha, Tushar;Basak, Aditya J.;Lee, Woonghee;Basak, Amit;Gholap, Shivajirao L.;Inampudi, Krishna K.;De, Soumya
人RNA结合基序3蛋白（RBM 3）是一种冷休克蛋白，通过与基础翻译机制的组分相互作用，在全球蛋白质合成，细胞增殖和凋亡的各个方面发挥作用。RBM 3在肿瘤进展和肿瘤转移中起重要作用，并且还被证明参与神经保护和内质网应激反应。在这里，我们已经解决了RBM 3的N末端84个残基RNA识别基序（RRM）的溶液NMR结构。剩余的残基富含RGG和YGG基序并且是无序的。RRM结构域采用βαββαβ拓扑结构，在许多RNA结合蛋白中发现。NMR监测的滴定实验和分子动力学模拟表明，β折叠和两个环形成RNA结合界面。氢键、π-π和π-阳离子是RNA与RRM结构域之间的关键相互作用。NMR、尺寸排阻色谱和化学交联实验表明，RBM 3在溶液中形成低聚物，这有利于温度的降低，因此，可能将其与其作为冷休克蛋白的功能联系起来。温度依赖性NMR研究表明，RRM结构域的寡聚化通过非特异性相互作用发生。总之，这项研究提供了RBM 3的RRM结构域的详细结构分析，其与RNA的相互作用及其温度依赖性寡聚化的分子基础。
Human RNA‐binding motif 3 protein (RBM3) is a cold‐shock protein which functions in various aspects of global protein synthesis, cell proliferation and apoptosis by interacting with the components of basal translational machinery. RBM3 plays important roles in tumour progression and cancer metastasis, and also has been shown to be involved in neuroprotection and endoplasmic reticulum stress response. Here, we have solved the solution NMR structure of the N‐terminal 84 residue RNA recognition motif (RRM) of RBM3. The remaining residues are rich in RGG and YGG motifs and are disordered. The RRM domain adopts a βαββαβ topology, which is found in many RNA‐binding proteins. NMR‐monitored titration experiments and molecular dynamic simulations show that the beta‐sheet and two loops form the RNA‐binding interface. Hydrogen bond, pi–pi and pi–cation are the key interactions between the RNA and the RRM domain. NMR, size exclusion chromatography and chemical cross‐linking experiments show that RBM3 forms oligomers in solution, which is favoured by decrease in temperature, thus, potentially linking it to its function as a cold‐shock protein. Temperature‐dependent NMR studies revealed that oligomerization of the RRM domain occurs via nonspecific interactions. Overall, this study provides the detailed structural analysis of RRM domain of RBM3, its interaction with RNA and the molecular basis of its temperature‐dependent oligomerization.
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冷休克结构域蛋白的保守 RNA 伴侣功能。
DOI：
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发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
--
作者：
Sasaki;K.;Ryozo Imai
通讯作者：
Ryozo Imai
DOI：
10.1021/acs.jpcb.8b01763
发表时间：
2018-04-12
期刊：
The journal of physical chemistry. B
影响因子：
--
作者：
Kim SS;Seffernick JT;Lindert S
通讯作者：
Lindert S
影响因子：
3
作者：
Kirchner DK;Güntert P
通讯作者：
Güntert P
多维异核磁共振确定的性致死第二个RNA结合域的共振分配和溶液结构。
影响因子：
2.9
作者：
Lee,AL;Kanaar,R;Rio,DC;Wemmer,DE
通讯作者：
Wemmer,DE
影响因子：
7.8
作者：
Julio AR;Backus KM
通讯作者：
Backus KM