agriGO v2.0: a GO analysis toolkit for the agricultural community, 2017 update.
agriGO v2.0: a GO analysis toolkit for the agricultural community, 2017 update.
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agriGO v2.0：农业社区的 GO 分析工具包，2017 年更新
DOI：
10.1093/nar/gkx382
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Su Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tian T;Liu Y;Yan H;You Q;Yi X;Du Z;Xu W;Su Z
摘要agriGO平台已服务科学界超过10年，专门专注于植物和农业物种的基因本体（GO）富集分析。我们不断维护和更新数据库，并满足全球用户的各种要求。在这里，我们介绍了我们更新的agriGO，它有一个大大扩大的支持物种（394）和databies（865）的数量。此外，更多的物种被归入与农业社区密切相关的作物、蔬菜、鱼类、鸟类和昆虫等类别。我们进一步提高了计算效率，包括批量分析和P值分布（PVD），以及网页的用户友好性。该平台增加了更多的可视化功能，包括SEACOMPARE（奇异富集分析的交叉比较），直接无环图（DAG）和散点图，可以通过选择任何重要的GO项进行合并。更新后的平台agriGO v2.0现在可以在http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/上公开访问。
Abstract The agriGO platform, which has been serving the scientific community for >10 years, specifically focuses on gene ontology (GO) enrichment analyses of plant and agricultural species. We continuously maintain and update the databases and accommodate the various requests of our global users. Here, we present our updated agriGO that has a largely expanded number of supporting species (394) and datatypes (865). In addition, a larger number of species have been classified into groups covering crops, vegetables, fish, birds and insects closely related to the agricultural community. We further improved the computational efficiency, including the batch analysis and P-value distribution (PVD), and the user-friendliness of the web pages. More visualization features were added to the platform, including SEACOMPARE (cross comparison of singular enrichment analysis), direct acyclic graph (DAG) and Scatter Plots, which can be merged by choosing any significant GO term. The updated platform agriGO v2.0 is now publicly accessible at http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/.
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