Assembly and validation of versatile transcription activator-like effector libraries.
Assembly and validation of versatile transcription activator-like effector libraries.
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DOI：
10.1038/srep04857
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发表时间：
2014-05-06
影响因子：
4.6
通讯作者：
Bleris L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li Y;Ehrhardt K;Zhang MQ;Bleris L
在全基因组实验中干扰单个基因的能力有助于揭示细胞和疾病的特性。在这里，我们介绍，描述了大会，并展示了全面和通用的转录激活因子样效应（TALE）库的使用。作为原理的证明，我们构建了一个11聚体文库，其涵盖了决定TALE-DNA结合特异性的核苷酸的所有可能组合。我们证明了该方法的多功能性，通过构建一个约束库，定制绑定到一个已知的p53基序。为了验证测定中的功能，我们将11-mer文库应用于酵母单杂交筛选中以发现分别激活人SCN 9A和miR-34 b的TALE。此外，我们使用完整的11聚体文库进行了全基因组筛选，以确认在酵母中赋予放线菌酮抗性的已知基因。考虑到TALE的高度模块化性质以及构建这些文库的多功能性和容易性，我们设想了高通量基因组测定的广泛意义。
The ability to perturb individual genes in genome-wide experiments has been instrumental in unraveling cellular and disease properties. Here we introduce, describe the assembly, and demonstrate the use of comprehensive and versatile transcription activator-like effector (TALE) libraries. As a proof of principle, we built an 11-mer library that covers all possible combinations of the nucleotides that determine the TALE-DNA binding specificity. We demonstrate the versatility of the methodology by constructing a constraint library, customized to bind to a known p53 motif. To verify the functionality in assays, we applied the 11-mer library in yeast-one-hybrid screens to discover TALEs that activate human SCN9A and miR-34b respectively. Additionally, we performed a genome-wide screen using the complete 11-mer library to confirm known genes that confer cycloheximide resistance in yeast. Considering the highly modular nature of TALEs and the versatility and ease of constructing these libraries we envision broad implications for high-throughput genomic assays.
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影响因子：
48
作者：
Crocker, Justin;Sternbecause, David L.
通讯作者：
Sternbecause, David L.
影响因子：
--
作者：
Krueger, Ute;Bergauer, Tobias;Konrad, Juliane
通讯作者：
Konrad, Juliane
DOI：
10.1073/pnas.040552697
发表时间：
2000-02-15
影响因子：
11.1
作者：
Beerli, RR;Dreier, B;Barbas, CF
通讯作者：
Barbas, CF
影响因子：
56.9
作者：
Boch, Jens;Scholze, Heidi;Bonas, Ulla
通讯作者：
Bonas, Ulla
影响因子：
46.9
作者：
Kim, Yongsub;Kweon, Jiyeon;Kim, Jin-Soo
通讯作者：
Kim, Jin-Soo