Splicing Outcomes of 5' Splice Site GT>GC Variants That Generate Wild-Type Transcripts Differ Significantly Between Full-Length and Minigene Splicing Assays.
Splicing Outcomes of 5' Splice Site GT>GC Variants That Generate Wild-Type Transcripts Differ Significantly Between Full-Length and Minigene Splicing Assays.
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DOI：
10.3389/fgene.2021.701652
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发表时间：
2021
影响因子：
3.7
通讯作者：
Chen JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin JH;Wu H;Zou WB;Masson E;Fichou Y;Le Gac G;Cooper DN;Férec C;Liao Z;Chen JM
将来自人类疾病相关5′剪接位点GT>GC（即，通过比较+2T>C）变体和正向工程化+2T>C置换的基于细胞培养的全长基因剪接测定（FLGSA），我们最近估计，相对于其野生型对应物，约15-18%的+2T>C变体可以产生高达84%的野生型转录物。在此，我们分析了在两个小基因测定中产生一些野生型转录物的20个+2T>C变体的剪接结果。我们发现了一个高的不一致率的野生型转录本的产生，不仅在FLGSA和小基因检测之间，而且在不同的小基因检测之间。在pET 01的情况下，所有20个野生型小基因构建体产生预期的野生型转录物;在20个相应的变体小基因构建体中，14个（70%）产生野生型转录物。在pSPL 3背景下，20个野生型小基因构建体中只有18个产生预期的野生型转录物，而18个相应的变体小基因构建体中的8个（44%）产生野生型转录物。因此，在一个特定类型的变体的情况下，我们提高认识的限制性小基因剪接测定，并强调在调节剪接的序列上下文的重要性。我们的研究结果是否适用于其他类型的剪接变异体仍有待研究。
Combining data derived from a meta-analysis of human disease-associated 5′ splice site GT>GC (i.e., +2T>C) variants and a cell culture-based full-length gene splicing assay (FLGSA) of forward engineered +2T>C substitutions, we recently estimated that ∼15–18% of +2T>C variants can generate up to 84% wild-type transcripts relative to their wild-type counterparts. Herein, we analyzed the splicing outcomes of 20 +2T>C variants that generate some wild-type transcripts in two minigene assays. We found a high discordance rate in terms of the generation of wild-type transcripts, not only between FLGSA and the minigene assays but also between the different minigene assays. In the pET01 context, all 20 wild-type minigene constructs generated the expected wild-type transcripts; of the 20 corresponding variant minigene constructs, 14 (70%) generated wild-type transcripts. In the pSPL3 context, only 18 of the 20 wild-type minigene constructs generated the expected wild-type transcripts whereas 8 of the 18 (44%) corresponding variant minigene constructs generated wild-type transcripts. Thus, in the context of a particular type of variant, we raise awareness of the limitations of minigene splicing assays and emphasize the importance of sequence context in regulating splicing. Whether or not our findings apply to other types of splice-altering variant remains to be investigated.
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