Protein-Ligand Blind Docking Using QuickVina-W With Inter-Process Spatio-Temporal Integration.
Protein-Ligand Blind Docking Using QuickVina-W With Inter-Process Spatio-Temporal Integration.
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DOI：
10.1038/s41598-017-15571-7
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发表时间：
2017-11-13
影响因子：
4.6
通讯作者：
Kwoh CK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hassan NM;Alhossary AA;Mu Y;Kwoh CK
“虚拟筛选”是计算机药物设计的一个常见步骤，研究人员在一个称为“对接”的过程中筛选一个大型小分子（配体）库以寻找有趣的命中物。然而，对接是一个计算密集和耗时的过程，通常限于小尺寸的结合位点（口袋）和少量的相互作用残基。当目标站点未知时（盲对接），研究人员将对接框拆分为多个框，或者使用不同的种子重复搜索几次，然后手动合并结果。否则，搜索时间变得不切实际地长。在这项研究中，我们研究了搜索进程和搜索线程的平均邻近相对频率（ASoF）之间的关系，这是密切相关的搜索速度和准确性。Quick维纳2中采用了一种新的进程间时空集成方法，从而产生了一种新的对接工具QuickVina-W，这是一种适用于“盲对接”的工具（不限于搜索空间大小或残基数量）。QuickVina-W比Quick维纳2更快，但比AutoDock维纳更好。它应该允许研究人员在短时间内以高精度虚拟地筛选巨大的配体库，而无需事先定义目标口袋。
“Virtual Screening” is a common step of in silico drug design, where researchers screen a large library of small molecules (ligands) for interesting hits, in a process known as “Docking”. However, docking is a computationally intensive and time-consuming process, usually restricted to small size binding sites (pockets) and small number of interacting residues. When the target site is not known (blind docking), researchers split the docking box into multiple boxes, or repeat the search several times using different seeds, and then merge the results manually. Otherwise, the search time becomes impractically long. In this research, we studied the relation between the search progression and Average Sum of Proximity relative Frequencies (ASoF) of searching threads, which is closely related to the search speed and accuracy. A new inter-process spatio-temporal integration method is employed in Quick Vina 2, resulting in a new docking tool, QuickVina-W, a suitable tool for “blind docking”, (not limited in search space size or number of residues). QuickVina-W is faster than Quick Vina 2, yet better than AutoDock Vina. It should allow researchers to screen huge ligand libraries virtually, in practically short time and with high accuracy without the need to define a target pocket beforehand.
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DOI：
10.3390/molecules20035152
发表时间：
2015-03-19
期刊：
Molecules (Basel, Switzerland)
影响因子：
--
作者：
Awuni Y;Mu Y
通讯作者：
Mu Y
影响因子：
3
作者：
Morris, Garrett M.;Huey, Ruth;Lindstrom, William;Sanner, Michel F.;Belew, Richard K.;Goodsell, David S.;Olson, Arthur J.
通讯作者：
Olson, Arthur J.
影响因子：
7.3
作者：
Wang, RX;Fang, XL;Wang, SM
通讯作者：
Wang, SM
影响因子：
8
作者：
Hetényi, C;van der Spoel, D
通讯作者：
van der Spoel, D
影响因子：
--
作者：
Dhanik A;McMurray JS;Kavraki LE
通讯作者：
Kavraki LE