An optimized FusX assembly-based technique to introduce mitochondrial TC-to-TT variations in human cell lines.
An optimized FusX assembly-based technique to introduce mitochondrial TC-to-TT variations in human cell lines.
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一种优化的基于FusX组装的技术，用于引入人类细胞系线粒体tc - tt变异。
DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101288
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发表时间：
2022-06-17
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ekker, Stephen C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kar, Bibekananda;Sabharwal, Ankit;Restrepo-Castillo, Santiago;Simone, Brandon W.;Clark, Karl J.;Ekker, Stephen C.
FusX TALE Based Editor（FusXTBE）是一个可编程的碱基编辑平台，可以在线粒体DNA（mtDNA）中引入特定的TC到TT变异。在这里，我们提供了一个方案，描述了合成和测试的FusXTBE质粒在培养的人细胞系。该工具被设计为易于修改，以在需要编辑线粒体DNA的各种应用中工作。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参见和。在mtDNA中引入特定TC到TT编辑的优化方案FusXTBE臂的产生和TC到TT编辑的验证TALE Writer程序可用于映射潜在的mtDNA碱基编辑位点FusXTBE臂设计可以用TALE Writer自动化FusX TALE Based Editor（FusXTBE）是一个可编程的碱基编辑平台，可以在线粒体DNA（mtDNA）中引入特定的TC到TT变异。在此，我们提供了描述如何合成FusXTBE质粒的方案。我们详细介绍了测试FusXTBE编辑效率和验证TC到TT编辑的步骤。已经使用永生化细胞系（例如，HEK 293 T和HT 1080 O以及斑马鱼;然而，该工具可以修改以用于编辑mtDNA的各种应用。
The FusX TALE Based Editor (FusXTBE) is a programmable base editing platform that can introduce specific TC-to-TT variations in the mitochondrial DNA (mtDNA). Here, we provide a protocol describing the synthesis and testing of the FusXTBE plasmids in cultured human cell lines. This tool is designed to be easily modified to work in diverse applications where editing of mitochondrial DNA is desired. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to and. Optimized protocol to introduce specific TC-to-TT edits in the mtDNA Generation of FusXTBE arms and validation of TC-to-TT editing TALE Writer program can be used to map potential mtDNA base editing sites FusXTBE arms design can be automated with TALE Writer The FusX TALE Based Editor (FusXTBE) is a programmable base editing platform that can introduce specific TC-to-TT variations in the mitochondrial DNA (mtDNA). Here, we provide a protocol describing how to synthesize the FusXTBE plasmids. We detail steps to test the FusXTBE editing efficiencies and to validate TC-to-TT editing. The protocol has been tested using immortalized cell lines (e.g., HEK293T and HT1080O and in zebrafish; however, the tool can be modified to work in diverse applications for editing mtDNA.
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影响因子：
4.2
作者：
Ma AC;McNulty MS;Poshusta TL;Campbell JM;Martínez-Gálvez G;Argue DP;Lee HB;Urban MD;Bullard CE;Blackburn PR;Man TK;Clark KJ;Ekker SC
通讯作者：
Ekker SC
影响因子：
64.8
作者：
Mok, Beverly Y.;de Moraes, Marcos H.;Liu, David R.
通讯作者：
Liu, David R.
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3.7
作者：
Kluesner, Mitchell G.;Nedveck, Derek A.;Moriarity, Branden S.
通讯作者：
Moriarity, Branden S.
高效设计和组装定制 TALEN 和其他基于 TAL 效应器的 DNA 靶向构建体
影响因子：
14.9
作者：
Cermak T;Doyle EL;Christian M;Wang L;Zhang Y;Schmidt C;Baller JA;Somia NV;Bogdanove AJ;Voytas DF
通讯作者：
Voytas DF
DOI：
10.1089/crispr.2021.0061
发表时间：
2021-12
期刊：
The CRISPR journal
影响因子：
--
作者：
Sabharwal A;Kar B;Restrepo-Castillo S;Holmberg SR;Mathew ND;Kendall BL;Cotter RP;WareJoncas Z;Seiler C;Nakamaru-Ogiso E;Clark KJ;Ekker SC
通讯作者：
Ekker SC